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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jnj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Azospirillum brasilense L-arabinose 1-dehydrogenase (apo-form) | ||||||
要素 | L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+)) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / L-arabinose metabolism / NADP-dependent dehydrogenase / Gfo/Idh/MocA protein family | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding ...L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / L-arabinose catabolic process / L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / NADP+ binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azospirillum brasilense (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Watanabe, Y. / Iga, C. / Watanabe, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019 タイトル: Structural insights into the catalytic and substrate recognition mechanisms of bacterial l-arabinose 1-dehydrogenase. 著者: Watanabe, Y. / Iga, C. / Watanabe, Y. / Watanabe, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jnj.cif.gz | 147 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jnj.ent.gz | 112.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jnj_validation.pdf.gz | 447.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jnj_full_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jnj_validation.xml.gz | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jnj_validation.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33992.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: araA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q53TZ2, L-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+], galactose 1-dehydrogenase (NADP+), D-galactose 1-dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4 M ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 115047 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 5.47 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EW6 解像度: 1.5→46.457 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 22.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 55.09 Å2 / Biso mean: 21.3138 Å2 / Biso min: 9.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→46.457 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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