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- PDB-5j5v: CdiA-CT from uropathogenic Escherichia coli in complex with cogna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5v
タイトルCdiA-CT from uropathogenic Escherichia coli in complex with cognate immunity protein and CysK
要素
  • Cysteine synthase A
  • Immunity protein CdiI
  • tRNA nuclease CdiA
キーワードTOXIN / complex / endonuclease / immunity protein
機能・相同性
機能・相同性情報


S-carboxymethylcysteine synthase / S-carboxymethylcysteine synthase activity / cysteine synthase complex / tRNA-specific ribonuclease activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / cysteine biosynthetic process from serine / amino acid biosynthetic process ...S-carboxymethylcysteine synthase / S-carboxymethylcysteine synthase activity / cysteine synthase complex / tRNA-specific ribonuclease activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase / cysteine synthase activity / other organism cell membrane / cysteine biosynthetic process from serine / amino acid biosynthetic process / RNA endonuclease activity / pyridoxal phosphate binding / transferase activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / tRNA binding / lyase activity / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunity protein CdiI / CDI immunity proteins / Bacterial toxin 28 / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain ...Immunity protein CdiI / CDI immunity proteins / Bacterial toxin 28 / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pectin lyase fold / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pectin lyase fold/virulence factor / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine synthase A / Cysteine synthase A / tRNA nuclease CdiA / Immunity protein CdiI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli O6:K15:H31 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Goulding, C.W. / Johnson, P.M. / Morse, R.P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Unraveling the essential role of CysK in CDI toxin activation.
著者: Johnson, P.M. / Beck, C.M. / Morse, R.P. / Garza-Sanchez, F. / Low, D.A. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase A
B: tRNA nuclease CdiA
C: Immunity protein CdiI
D: Cysteine synthase A
E: tRNA nuclease CdiA
F: Immunity protein CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6036
ポリマ－151,6036
非ポリマー00
水1,820101
1
A: Cysteine synthase A
B: tRNA nuclease CdiA
C: Immunity protein CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8013
ポリマ－75,8013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
2
D: Cysteine synthase A
E: tRNA nuclease CdiA
F: Immunity protein CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8013
ポリマ－75,8013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area41340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.251, 195.539, 175.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase A / CSase A / O-acetylserine (thiol)-lyase A / OAS-TL A / O-acetylserine sulfhydrylase A / Sulfate ...CSase A / O-acetylserine (thiol)-lyase A / OAS-TL A / O-acetylserine sulfhydrylase A / Sulfate starvation-induced protein 5 / SSI5


分子量: 34726.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: cysK, Z3680, ECs3286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0ABK6, UniProt: P0ABK5*PLUS, cysteine synthase
#2: タンパク質 tRNA nuclease CdiA / tRNase CdiA / Toxin CdiA


分子量: 24841.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:K15:H31 (strain 536 / UPEC) (大腸菌)
株: 536 / UPEC / 遺伝子: cdiA, ECP_4580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q0T963, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 Immunity protein CdiI


分子量: 16233.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:K15:H31 (strain 536 / UPEC) (大腸菌)
株: 536 / UPEC / 遺伝子: cdiI, ECP_4579 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0T964
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 7.1), 0.2 M ammonium sulfate, 17% (w/v) PEG-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.825 Å / Num. obs: 36681 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 14.5 % / Net I/σ(I): 10.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX(Phaser-MR: 1.10.1_2155)位相決定
PHENIX(AutoBuild: 1.10.1_2155)モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J43

5j43


解像度: 2.75→48.825 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 914 2.49 %
Rwork0.1964 --
obs0.1976 36673 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8197 0 0 101 8298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07211238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4195130
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.8950.34971290.27335044X-RAY DIFFRACTION100
2.895-3.07630.29011280.24765029X-RAY DIFFRACTION100
3.0763-3.31380.3021300.23525074X-RAY DIFFRACTION100
3.3138-3.64720.24691300.20715081X-RAY DIFFRACTION100
3.6472-4.17470.25091300.17775086X-RAY DIFFRACTION100
4.1747-5.25870.20481310.16325142X-RAY DIFFRACTION100
5.2587-48.83240.22061360.18015303X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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