PDB-6jmv: Crystal structure of the GluK3 ligand binding domain complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jmv

タイトル

Crystal structure of the GluK3 ligand binding domain complex with SYM and zinc

要素

Glutamate receptor ionotropic, kainate 3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glutamate receptor / Kainate / SYM

機能・相同性

機能・相同性情報

Presynaptic function of Kainate receptors / regulation of presynaptic membrane potential / cochlear hair cell ribbon synapse / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / kainate selective glutamate receptor complex / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate receptor activity / glutamate receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.832 Å

データ登録者

Kumari, J. / Kumar, J.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Insights into GluK3-kainate Receptor Desensitization and Recovery.
著者: Jyoti Kumari / Rajesh Vinnakota / Janesh Kumar /

要旨: GluK3-kainate receptors are atypical members of the iGluR family that reside at both the pre- and postsynapse and play a vital role in the regulation of synaptic transmission. For a better ...

履歴

登録	2019年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jmv.cif.gz	318.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jmv.ent.gz	264.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jmv_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jmv_full_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示
XML形式データ	6jmv_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	6jmv_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9821C 9822C 6jfyC 6jfzC 3u93S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gba-2 3emg-d 6f28-2 2bbs-2 6f28-1 3a1v-1 4yjs-d 6yk6-d 3fvo-2 4pdh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.460, 88.030, 130.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P22₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- ZN
2	1	A-544- HOH
3	1	A-593- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 / GluK3 / Glutamate receptor 7 / GluR7 分子量: 29053.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GluK3 ligand binding domain, residues 433-546 and 669-807 from P42264 (GRIK3_RAT) linked with linker residues GT. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik3, Glur7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P42264

#1: タンパク質

Glutamate receptor ionotropic, kainate 3 / GluK3 / Glutamate receptor 7 / GluR7

分子量: 29053.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GluK3 ligand binding domain, residues 433-546 and 669-807 from P42264 (GRIK3_RAT) linked with linker residues GT.
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik3, Glur7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P42264

-
非ポリマー , 7種, 353分子

#2: 化合物	ChemComp-SYM / 2S,4R-4-METHYLGLUTAMATE 分子量: 160.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 50mM HEPES, pH 7.0, 4% PEG 8000, 100mM NaCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→88.03 Å / Num. obs: 57772 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.83→1.87 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.5088 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3540 / CC_1/2: 0.165 / R_pim(I) all: 0.735 / R_rim(I) all: 0.7196 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U93

3u93

解像度: 1.832→72.973 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.08

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2424	2925	5.07 %	Random
R_work	0.2032	-	-	-
obs	0.2052	57704	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.832→72.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4039	0	86	330	4455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	5627
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.517	3009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.832-1.8621	0.4682	151	0.415	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8621-1.8942	0.4282	126	0.3933	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8942-1.9286	0.4236	127	0.3967	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9286-1.9657	0.3806	129	0.3415	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9657-2.0058	0.3104	148	0.2917	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0058-2.0495	0.2928	151	0.2808	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0495-2.0971	0.3134	141	0.2775	2571	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0971-2.1496	0.3059	147	0.2425	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1496-2.2077	0.2881	117	0.2286	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2077-2.2727	0.3367	139	0.2304	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2727-2.346	0.2312	154	0.2029	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.346-2.4299	0.2479	126	0.206	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4299-2.5272	0.2614	136	0.1847	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5272-2.6422	0.2606	133	0.1874	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6422-2.7815	0.2298	124	0.1912	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7815-2.9558	0.2519	140	0.1779	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9558-3.184	0.1981	146	0.1654	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.184-3.5044	0.2019	146	0.1618	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5044-4.0115	0.191	141	0.1558	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0115-5.0539	0.1823	153	0.1491	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0539-73.0313	0.2494	150	0.2321	2831	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0553	0.0045	0.0061	0.1453	0.0789	0.0542	0.0008	0.2747	0.0798	-0.2168	0.0888	0.2379	-0.0981	-0.2408	0.002	0.3096	0.0356	-0.0953	0.4882	0.0336	0.3676	-22.7833	10.1851	14.3958
2	0.2079	-0.152	0.0583	0.3237	-0.2672	0.4557	-0.0828	0.0843	0.0359	0.0713	0.0067	0.0362	-0.1065	0.0054	-0.0326	0.2015	0.0512	-0.0387	0.2588	0.041	0.2426	-10.5625	15.7235	23.6772
3	0.1487	-0.0453	-0.3783	0.2984	0.0448	0.978	-0.1304	0.0149	0.1418	0.02	-0.2394	-0.2452	-0.6746	-0.0425	-1.6339	0.4605	0.0332	-0.1236	0.2217	0.0997	0.3112	0.6964	23.2648	15.8874
4	0.1321	-0.0322	0.0087	0.1024	-0.0851	0.0729	-0.0662	0.0565	-0.0538	-0.0008	0.0461	-0.054	0.014	-0.1445	-0	0.2186	0.0365	0.0192	0.2843	0.0194	0.2303	-10.5158	2.1937	22.366
5	0.0795	0.0423	0.0039	0.0275	-0.0094	0.061	0.1158	-0.1453	-0.1312	0.286	0.0368	0.1265	-0.0342	0.065	-0.0001	0.2763	-0.0063	-0.0028	0.2477	-0.0223	0.3107	6.7514	9.8255	57.5579
6	0.1096	-0.0792	-0.0068	0.2434	-0.007	0.0609	0.131	-0.1388	-0.0851	0.1165	0.149	-0.2743	0.1639	0.6559	0.0553	0.268	0.0167	-0.0339	0.5217	-0.1116	0.34	21.5945	12.0946	50.8578
7	0.1595	-0.0177	0.076	0.3534	-0.4739	0.6524	0.1349	0.026	0.2291	-0.0235	0.1073	0.1038	-0.1911	-0.1096	0.7343	0.5426	-0.0103	0.2403	0.1916	0.0076	0.3494	11.2916	37.5088	41.907
8	0.0561	0.0568	0.109	0.0885	0.1209	0.2156	0.1215	0.0795	0.1738	0.0718	0.1124	-0.2558	-0.2133	0.1499	0.0641	0.5759	-0.2704	0.1792	0.4835	-0.1053	0.5219	23.6523	35.1122	44.0049
9	0.0163	0.0134	0.0003	0.0141	-0.0048	0.0083	0.1738	-0.044	0.0264	0.178	-0.0014	0.069	-0.2562	0.167	0.0001	0.6077	-0.1465	0.1145	0.3675	-0.0806	0.3836	15.8077	35.4294	55.5127
10	0.0149	-0.0065	0.0008	0.009	-0.0007	0.0264	0.085	0.0867	0.1102	-0.1724	-0.0454	-0.0315	-0.3415	0.0352	0.0135	0.5935	0.0278	0.0864	0.2361	0.0383	0.3019	7.6484	31.1486	46.1293
11	0.0193	-0.0013	-0.0072	0.0085	0.0164	0.0324	0.0036	0.1415	-0.1444	-0.0228	0.1477	-0.0735	-0.1836	0.2198	0.0003	0.2526	0.0413	-0.0312	0.4231	-0.0798	0.3684	18.3159	7.9223	44.8616
12	0.0008	0.0007	-0.002	0.0012	0.0007	0.0172	0.0751	0.0439	-0.024	-0.1436	0.0327	-0.0265	0.1119	0.1534	-0	0.2489	0.0831	-0.0448	0.3466	-0.0954	0.2964	8.9168	4.3757	39.2946
13	0.0937	0.117	-0.1522	0.1487	-0.1866	0.2527	0.0575	-0.0421	-0.0817	0.1283	0.1453	0.4084	-0.151	-0.1021	0.0533	0.2508	0.1367	-0.0044	0.4009	-0.0632	0.3724	-2.0592	17.6312	46.1127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 216 through 256 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 47 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 48 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 129 through 163 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 164 through 183 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 184 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 225 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 226 through 238 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 239 through 255 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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