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- PDB-6jjx: Crystal Structure of KIBRA and Angiomotin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjx
タイトルCrystal Structure of KIBRA and Angiomotin complex
要素
  • Peptide from Angiomotin
  • Protein KIBRA
キーワードSIGNALING PROTEIN / WW tandem / PY tandem / KIBRA / Angiomotin / AMOT
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / regulation of hippo signaling / Signaling by Hippo / cell migration involved in gastrulation / positive regulation of embryonic development / Regulation of CDH11 function / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of organ growth / angiostatin binding ...establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / regulation of hippo signaling / Signaling by Hippo / cell migration involved in gastrulation / positive regulation of embryonic development / Regulation of CDH11 function / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of organ growth / angiostatin binding / hippo signaling / gastrulation with mouth forming second / negative regulation of vascular permeability / Signaling by Hippo / cell-cell junction assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of cell size / endocytic vesicle / bicellular tight junction / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vasculogenesis / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / regulation of cell migration / ruffle / negative regulation of angiogenesis / actin filament / protein localization / kinase binding / ruffle membrane / chemotaxis / cell migration / cell junction / lamellipodium / protein-macromolecule adaptor activity / signaling receptor activity / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / angiogenesis / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WWC, C2 domain / Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / Angiomotin C terminal / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily ...WWC, C2 domain / Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / Angiomotin C terminal / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiomotin / Protein KIBRA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, Z. / Yang, Z. / Ji, Z. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Decoding WW domain tandem-mediated target recognitions in tissue growth and cell polarity.
著者: Lin, Z. / Yang, Z. / Xie, R. / Ji, Z. / Guan, K. / Zhang, M.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein KIBRA
B: Protein KIBRA
D: Peptide from Angiomotin
C: Peptide from Angiomotin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6494
ポリマ－37,6494
非ポリマー00
水4,738263
1
A: Protein KIBRA
C: Peptide from Angiomotin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8252
ポリマ－18,8252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein KIBRA
D: Peptide from Angiomotin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8252
ポリマ－18,8252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.627, 72.283, 79.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-300-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein KIBRA / Kidney and brain protein / KIBRA / WW domain-containing protein 1


分子量: 16036.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wwc1, Kiaa0869
発現宿主: Escherichia coli str. 'clone D i2' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SXA9
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Angiomotin


分子量: 2788.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMOT, KIAA1071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VCS5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% w/v pentaerythritol propoxylat 629 (17/8 PO/OH), 50mM MgCl2, 100mM Tris (pH 8.5)
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26165 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1282 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J68

6j68


解像度: 2→39.687 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 1286 4.93 %
Rwork0.2083 --
obs0.2096 26101 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2254 0 0 263 2517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1423160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.634849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006417
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9968-2.07670.32461470.25862598X-RAY DIFFRACTION96
2.0767-2.17120.2861410.24162728X-RAY DIFFRACTION100
2.1712-2.28570.29621370.23452757X-RAY DIFFRACTION100
2.2857-2.42890.24391250.2332748X-RAY DIFFRACTION100
2.4289-2.61640.29691550.23662726X-RAY DIFFRACTION100
2.6164-2.87960.27771260.23092771X-RAY DIFFRACTION100
2.8796-3.29610.26181490.2162790X-RAY DIFFRACTION100
3.2961-4.15210.20581480.17682806X-RAY DIFFRACTION100
4.1521-39.69480.18241580.19272891X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.3741 Å / Origin y: 27.5841 Å / Origin z: 99.9216 Å
111213212223313233
T0.2718 Å2-0.0007 Å2-0.0021 Å2-0.2471 Å2-0.0044 Å2--0.2753 Å2
L0.2755 °20.0553 °20.1058 °2-0.013 °20.0207 °2--0.0406 °2
S0.0208 Å °0.066 Å °-0.017 Å °-0.0214 Å °0.0156 Å °0.0039 Å °0.0206 Å °0.0419 Å °-0.0381 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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