PDB-6mwg: NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239, with mutation...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mwg

タイトル

NavAb Voltage-gated Sodium Channel, residues 1-239, with mutation T206V

要素

Ion transport protein

キーワード

membrane protein / metal transport / Ion Channel Voltage-gated Sodium Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Lenaeus, M.J. / Catterall, W.A.

引用

ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2019
タイトル: Molecular dissection of multiphase inactivation of the bacterial sodium channel NaVAb.
著者: Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Ramanadane, K. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2018年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mwg.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mwg.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mwg_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mwg_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	6mwg_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6mwg_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mwaC 6mwbC 6mwdC 3rvyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mwa-1 6mwd-1 6kzo-d 6mwb-1 6kzp-d 6sis-d 0792 1ybd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

B: Ion transport protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.175, 124.175, 189.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2407- HOH
2	1	B-2422- HOH

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 29787.324 Da / 分子数: 1 / 変異: T206V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.98 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate 100 mM Sodium Acetate, pH 5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 25875 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RVY

3rvy

解像度: 2.501→29.77 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	1287	4.97 %
R_work	0.2201	-	-
obs	0.2211	25873	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1843	0	205	24	2072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	2851
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.57	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5015-2.6016	0.3581	137	0.316	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6016-2.7199	0.2763	138	0.267	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7199-2.8632	0.2594	131	0.2245	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8632-3.0424	0.2404	151	0.2112	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0424-3.277	0.2536	140	0.2249	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.277-3.6063	0.204	144	0.1965	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6063-4.127	0.1918	139	0.1994	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.127-5.195	0.2457	152	0.2008	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.195-29.7724	0.2487	155	0.2393	2898	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0214	3.0394	2.7331	9.3491	5.4296	8.6698	0.4604	0.3371	-0.6866	-0.678	0.1056	-1.5495	0.2986	0.8179	-0.0497	0.8165	0.1437	0.2392	1.0741	-0.1985	1.0213	-88.6442	-22.5702	-51.3729
2	2.5702	-0.5471	-0.8807	4.8791	2.5098	4.4262	0.1461	0.031	0.0855	-0.1556	-0.0721	0.3122	-0.9684	-0.3306	-0.0205	0.7234	0.1991	0.1926	0.5947	-0.0215	0.7015	-84.714	-32.0311	-68.8604
3	6.6752	-4.1418	-5.7602	5.8956	6.0742	6.8904	0.5661	1.9454	-0.1371	-1.0675	-0.0313	1.0377	0.647	0.6374	-0.0272	1.6543	0.2079	-0.4107	1.1426	-0.145	1.0019	-77.5983	-26.5033	-81.8911
4	3.8035	-0.1076	-0.1282	1.4558	0.2688	3.0097	-0.1102	-0.5702	0.0246	0.2738	0.0502	0.2795	-0.3734	-0.0833	-0.009	0.6467	0.0033	0.0682	0.3056	-0.0674	0.4077	-63.3206	-42.9201	-68.0851
5	2.8277	-2.6299	-1.9523	4.724	3.8971	3.2654	-0.0619	1.3976	0.8938	-1.3773	0.2792	-0.0567	0.3789	-0.1017	-0.3108	0.7905	-0.1733	-0.0557	0.6377	0.1095	0.5721	-48.4719	-48.8241	-89.7402
6	2.9916	-0.2391	-1.6662	3.075	0.7302	3.3974	-0.178	0.2489	0.1525	-0.0664	0.0694	-0.2969	0.0958	-0.0871	-0.0156	0.399	0.0015	-0.0482	0.434	-0.0045	0.4548	-51.1698	-55.6471	-83.06
7	1.2909	0.0278	-0.4468	2.7885	0.345	6.0097	0.0064	-0.9849	0.2833	0.959	0.1607	0.1858	-0.0844	0.7634	-0.1935	0.6533	-0.0108	-0.0698	0.788	-0.0538	0.533	-55.2167	-56.6271	-54.0824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1999 through 2011 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2012 through 2088 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2089 through 2096 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2097 through 2152 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2153 through 2162 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2163 through 2193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2194 through 2239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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