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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jfl | ||||||
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タイトル | Nucleotide-free Mitofusin2 (MFN2) | ||||||
![]() | Mitofusin-2,cDNA FLJ57997, highly similar to Transmembrane GTPase MFN2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / mitochondriral fusion / GTPase activity / CMT2A | ||||||
機能・相同性 | ![]() RHOT2 GTPase cycle / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrion localization / protein localization to phagophore assembly site / camera-type eye morphogenesis / protein targeting to mitochondrion / blastocyst formation / negative regulation of Ras protein signal transduction / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion ...RHOT2 GTPase cycle / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrion localization / protein localization to phagophore assembly site / camera-type eye morphogenesis / protein targeting to mitochondrion / blastocyst formation / negative regulation of Ras protein signal transduction / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / response to unfolded protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / aerobic respiration / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. ...Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S.D. / Chan, D.C. / Hu, J.J. / Gao, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights of human mitofusin-2 into mitochondrial fusion and CMT2A onset. 著者: Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y. / Meng, S. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S. / Chen, X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S. / Chan, D.C. / Hu, J. / Gao, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 665.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 549.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 515.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49830.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O95140, UniProt: B7Z3H8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.19 M Calcium chloride 0.095 M HEPES PH7.5 26.6% (V/V) PEG400 5% (V/V) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.7 Å / Num. obs: 44958 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rrim(I) all: 0.128 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 10.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.98 Å / Num. unique obs: 6966 / Rrim(I) all: 0.586 / Rsym value: 0.49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JFM 解像度: 2.806→36.337 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.806→36.337 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.232 Å / Origin y: 12.6275 Å / Origin z: 34.8832 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |