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万見
- PDB-6jfm: Mitofusin2 (MFN2)_T111D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jfm
タイトルMitofusin2 (MFN2)_T111D
要素Mitofusin-2,Mitofusin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondriral fusion / GTPase activity / CMT2A
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOT2 GTPase cycle / type 2 mitophagy / mitochondrion localization / camera-type eye morphogenesis / protein localization to phagophore assembly site / negative regulation of Ras protein signal transduction / blastocyst formation / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion / protein targeting to mitochondrion ...RHOT2 GTPase cycle / type 2 mitophagy / mitochondrion localization / camera-type eye morphogenesis / protein localization to phagophore assembly site / negative regulation of Ras protein signal transduction / blastocyst formation / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / response to unfolded protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / aerobic respiration / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Mitofusin-2 / Mitofusin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. ...Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S.D. / Chan, D.C. / Hu, J.J. / Gao, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights of human mitofusin-2 into mitochondrial fusion and CMT2A onset.
著者: Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y. / Meng, S. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S. / Chen, X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S. / Chan, D.C. / Hu, J. / Gao, S.
履歴
登録2019年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitofusin-2,Mitofusin-2
B: Mitofusin-2,Mitofusin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9277
ポリマ－99,6892
非ポリマー2385
水4,828268
1
A: Mitofusin-2,Mitofusin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0435
ポリマ－49,8451
非ポリマー1984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
2
B: Mitofusin-2,Mitofusin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8852
ポリマ－49,8451
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.437, 126.563, 79.972
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitofusin-2,Mitofusin-2 / Transmembrane GTPase MFN2


分子量: 49844.508 Da / 分子数: 2 / 変異: T111D,T111D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル)
遺伝子: MFN2, CPRP1, KIAA0214, MFN2, EGK_00242 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95140, UniProt: G7MGV9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M Calcium acetate 0.08 M Sodium cacodylate PH 6.5 14.4% (W/V) PEG 8000 20% (V/V) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→126.6 Å / Num. obs: 50379 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Num. unique obs: 3741 / Rrim(I) all: 0.743

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JFK

6jfk


解像度: 2.09→31.641 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 2467 4.9 %
Rwork0.1758 --
obs0.1784 50316 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→31.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6759 0 11 268 7038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9439367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1315951
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481032
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.13020.25661200.21852688X-RAY DIFFRACTION99
2.1302-2.17370.28161270.22162650X-RAY DIFFRACTION99
2.1737-2.22090.27351480.21782713X-RAY DIFFRACTION100
2.2209-2.27260.26511520.21832610X-RAY DIFFRACTION99
2.2726-2.32940.29571650.2052639X-RAY DIFFRACTION99
2.3294-2.39230.27411430.20472596X-RAY DIFFRACTION98
2.3923-2.46270.23291390.20952619X-RAY DIFFRACTION97
2.4627-2.54220.26131310.20022626X-RAY DIFFRACTION98
2.5422-2.6330.24951320.19082703X-RAY DIFFRACTION99
2.633-2.73840.25291480.19182656X-RAY DIFFRACTION100
2.7384-2.86290.23321530.18492676X-RAY DIFFRACTION100
2.8629-3.01370.28611210.18922663X-RAY DIFFRACTION99
3.0137-3.20240.2461360.18382703X-RAY DIFFRACTION99
3.2024-3.44940.24831310.17882645X-RAY DIFFRACTION98
3.4494-3.7960.22841520.15882573X-RAY DIFFRACTION97
3.796-4.34410.18681140.14762716X-RAY DIFFRACTION99
4.3441-5.46850.20021250.14472685X-RAY DIFFRACTION99
5.4685-31.64440.17571300.17032688X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.2694 Å / Origin y: -12.3214 Å / Origin z: 16.5388 Å
111213212223313233
T0.2389 Å2-0.0035 Å2-0.0221 Å2-0.1982 Å20.0147 Å2--0.2652 Å2
L0.2519 °2-0.0858 °20.2375 °2-0.2332 °2-0.1248 °2--0.8423 °2
S-0.0214 Å °0.0117 Å °0.0159 Å °0.0162 Å °-0.0025 Å °-0.0705 Å °-0.0793 Å °-0.0228 Å °0.0328 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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