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- PDB-6jde: crystal structure of a DNA repair protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jde
タイトルcrystal structure of a DNA repair protein
要素Putative DNA repair helicase RadD
キーワードHYDROLASE / DNA repair protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA damage tolerance / response to ionizing radiation / helicase activity / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / translation / response to xenobiotic stimulus / cell division / ATP hydrolysis activity ...DNA damage tolerance / response to ionizing radiation / helicase activity / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA helicase / translation / response to xenobiotic stimulus / cell division / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain ...: / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc-binding ribosomal protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative DNA repair helicase RadD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yan, X.X. / Tang, Q.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a novel ATPase RadD from Escherichia coli.
著者: Kuang, X. / Tang, Q. / Liu, Y.P. / Yan, X.X. / Xu, W.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative DNA repair helicase RadD
A: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1494
ポリマ－133,0182
非ポリマー1312
水6,774376
1
B: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5742
ポリマ－66,5091
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative DNA repair helicase RadD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5742
ポリマ－66,5091
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.515, 78.455, 110.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA repair helicase RadD


分子量: 66509.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: radD, yejH, yejI, yejJ, b2184, JW2172 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P33919, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG3350, 500mM Nacl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 33119 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.953 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1664 5.05 %
Rwork0.2283 --
obs0.2289 32935 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8620 0 2 376 8998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96212079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.815264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.88220.35371110.29862171X-RAY DIFFRACTION81
2.8822-2.9750.29591310.29212520X-RAY DIFFRACTION96
2.975-3.08090.30481460.27442622X-RAY DIFFRACTION99
3.0809-3.20380.25441550.25772629X-RAY DIFFRACTION100
3.2038-3.3490.241320.24552637X-RAY DIFFRACTION99
3.349-3.52460.24531230.23252679X-RAY DIFFRACTION100
3.5246-3.74410.23771490.21782654X-RAY DIFFRACTION100
3.7441-4.0310.22421290.20012650X-RAY DIFFRACTION100
4.031-4.43260.18741480.18612641X-RAY DIFFRACTION100
4.4326-5.06480.21691400.19262684X-RAY DIFFRACTION100
5.0648-6.34690.23421650.23292667X-RAY DIFFRACTION100
6.3469-19.95320.23691350.23512717X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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