PDB-6jdd: Crystal structure of the cypemycin decarboxylase CypD.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jdd

タイトル

Crystal structure of the cypemycin decarboxylase CypD.

要素

Cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Decarboxylase / RiPP / Linaridin

機能・相同性

機能・相同性情報

cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating) / peptide antibiotic biosynthetic process / carboxy-lyase activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, Q. / Yuan, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2019
タイトル: Convergent evolution of the Cys decarboxylases involved in aminovinyl-cysteine (AviCys) biosynthesis.
著者: Mo, T. / Yuan, H. / Wang, F. / Ma, S. / Wang, J. / Li, T. / Liu, G. / Yu, S. / Tan, X. / Ding, W. / Zhang, Q.

履歴

登録	2019年2月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jdd.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jdd.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jdd_validation.pdf.gz	741.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jdd_full_validation.pdf.gz	744.1 KB	表示
XML形式データ	6jdd_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	6jdd_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/6jdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1kmy-1 2wl9-2 1kw6-1 2jj4-1 1r10-3 3572 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating)

ヘテロ分子

21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating)

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
263 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	26_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	31_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	36_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	52_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	54_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	59_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	75_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	80_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	82_555	-y,z,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.456, 229.456, 229.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

#1: タンパク質	Cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating) 分子量: 20771.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp (バクテリア) / 遺伝子: cypD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) 参照: UniProt: E5KIB9, cypemycin cysteine dehydrogenase (decarboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM NaCl, 0.1 M Imidazole, 10 mM Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 16495 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / R_merge(I) obs: 0.182 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 19.4 % / R_merge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 3.58 / Num. unique obs: 794 / CC_1/2: 0.92 / R_pim(I) all: 0.196 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→44.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.55 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.179

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2193	831	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1724	-	-	-
obs	0.17469	15611	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→44.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1359	0	74	51	1484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.013	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.001	1.7	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.447	1.616	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.174	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.177	21.333	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.641	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.066	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.119	5.083	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.101	5.071	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.72	7.593	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.716	7.607	883
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.374	5.457	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.372	5.458	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.467	7.986	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.568	56.957	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.569	56.969	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.236	3	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.601→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	64	-
R_work	0.207	1123	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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