PDB-6j9o: Crystal structure of a free scFv molecule from a group 2 influenz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j9o

タイトル

Crystal structure of a free scFv molecule from a group 2 influenza A viruses HA binding antibody AF4H1K1

要素

Heavy chain of AF4H1K1 scFv
Light chain of AF4H1K1 scFv

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / a free scFv molecule / AF4H1K1 / influenza A viruses / HA binding antibody

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.397 Å

データ登録者

Xiao, H.X. / Qi, J.X. / Gao, F.G.

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Light chain modulates heavy chain conformation to change protection profile of monoclonal antibodies against influenza A viruses.
著者: Xiao, H. / Guo, T. / Yang, M. / Qi, J. / Huang, C. / Hong, Y. / Gu, J. / Pang, X. / Liu, W.J. / Peng, R. / McCauley, J. / Bi, Y. / Li, S. / Feng, J. / Zhang, H. / Zhang, X. / Lu, X. / Yan, J. ...

履歴

登録	2019年1月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j9o.cif.gz	105.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j9o.ent.gz	84.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nko-1 3nn8-4 5u0u-2 3u79-4 5j75-1 6ffj-2 3juy-1 4ut7-d 3juy-4 5u0u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain of AF4H1K1 scFv

L: Light chain of AF4H1K1 scFv

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.747, 56.798, 102.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Heavy chain of AF4H1K1 scFv 分子量: 14280.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Light chain of AF4H1K1 scFv 分子量: 11812.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.397→50 Å / Num. obs: 42860 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.3 % / Net I/σ(I): 39.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.397→34.594 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	2103	4.94 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1771	42545	98.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.397→34.594 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1837	0	0	291	2128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1911
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.673	2604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.441	695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3973-1.4298	0.2198	81	0.2304	2193	X-RAY DIFFRACTION	80
1.4298-1.4656	0.2522	145	0.2177	2555	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4656-1.5052	0.2248	139	0.2018	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5052-1.5495	0.2235	127	0.193	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5495-1.5995	0.2239	150	0.1942	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5995-1.6567	0.2126	133	0.1832	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6567-1.723	0.2114	157	0.1861	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.723-1.8014	0.204	153	0.1813	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8014-1.8964	0.1848	155	0.1832	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8964-2.0152	0.1895	121	0.1662	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0152-2.1708	0.2044	157	0.1673	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1708-2.3892	0.2001	141	0.1845	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3892-2.7348	0.1819	144	0.1849	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7348-3.4451	0.1769	150	0.1784	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4451-34.6049	0.1725	150	0.1547	2956	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3065	0.0941	0.1463	0.394	0.2729	0.2166	-0.0142	0.0259	0.012	-0.0355	0.006	0.0262	-0.0625	0.0193	-0.0002	0.1011	-0.001	-0.0007	0.0996	0.0013	0.0918	-10.8196	-12.2658	15.3847
2	0.2404	-0.032	0.1071	0.3185	0.1906	0.1816	0.0042	0.0252	-0.017	-0.0205	-0.0054	-0.0037	0.0064	0.001	0.0003	0.0953	0.006	0.011	0.0948	-0.0049	0.0968	-8.5877	-33.1131	7.9505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain H
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain L

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)