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- PDB-6j8m: Low-dose structure of bovine heart cytochrome c oxidase in the fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j8m
タイトルLow-dose structure of bovine heart cytochrome c oxidase in the fully oxidized state determined using 30 keV X-ray
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / proton pump / heme / respiratory chain
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G ...Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ueno, G. / Shimada, A. / Yamashita, E. / Hasegawa, K. / Kumasaka, T. / Shinzawa-Itoh, K. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T. / Yamamoto, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Japan Science and Technology 日本
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2019
タイトル: Low-dose X-ray structure analysis of cytochrome c oxidase utilizing high-energy X-rays.
著者: Ueno, G. / Shimada, A. / Yamashita, E. / Hasegawa, K. / Kumasaka, T. / Shinzawa-Itoh, K. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T. / Yamamoto, M.
履歴
登録2019年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,86682
ポリマ－410,21626
非ポリマー32,65056
水46,0822558
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,43341
ポリマ－205,10813
非ポリマー16,32528
水23413
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,43341
ポリマ－205,10813
非ポリマー16,32528
水23413
タイプ名称対称操作数
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単位格子
Length a, b, c (Å)182.020, 203.540, 177.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
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212Y
113M
213Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
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2136P1 - 272
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2156R5 - 109
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2176T1 - 85
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2186U7 - 85
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
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4
5
6
7
8
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11
12
13

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.993106, -0.005399, 0.117098), (4.9E-5, -0.998958, -0.045639), (0.117223, -0.045318, 0.992071)165.871902, 624.762329, 4.53737
3given(1), (1), (1)
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9given(1), (1), (1)
10given(-0.990621, -0.057936, 0.123747), (0.051877, -0.997317, -0.051642), (0.126407, -0.044738, 0.990969)181.3367, 618.85437, 3.57102
11given(1), (1), (1)
12given(-0.993749, -0.007419, 0.111391), (0.00322, -0.999279, -0.037829), (0.111591, -0.037234, 0.993056)167.929031, 622.792053, 2.47127
13given(1), (1), (1)
14given(-0.992611, 0.00095, 0.121333), (-0.007608, -0.998489, -0.054416), (0.121098, -0.054937, 0.991119)163.066742, 627.028748, 7.06681
15given(1), (1), (1)
16given(-0.991611, -0.002056, 0.129238), (-0.003333, -0.999134, -0.041464), (0.129211, -0.041547, 0.990746)162.649582, 624.744629, 2.39382
17given(1), (1), (1)
18given(-0.992893, -0.04829, 0.108771), (0.044876, -0.998427, -0.033624), (0.110224, -0.028503, 0.993498)181.588257, 616.452759, -0.30702
19given(1), (1), (1)
20given(-0.992772, 0.002678, 0.119982), (-0.008308, -0.998886, -0.046453), (0.119724, -0.047115, 0.991689)162.887909, 625.813843, 4.91097
21given(1), (1), (1)
22given(-0.993515, 0.000603, 0.113699), (-0.004314, -0.999466, -0.032397), (0.113619, -0.032677, 0.992987)164.573257, 623.307739, 0.94022
23given(1), (1), (1)
24given(-0.99271, -0.012484, 0.119883), (0.007006, -0.998916, -0.046014), (0.120328, -0.044839, 0.991721)167.350906, 623.83551, 4.0068
25given(1), (1), (1)
26given(-0.991813, -0.019744, 0.12616), (0.014321, -0.99894, -0.043749), (0.12689, -0.041584, 0.991045)168.10022, 622.141785, 1.96965

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B / cytochrome c oxidase subunit 6 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9629.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 10 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B / cytochrome c oxidase subunit 11 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C / cytochrome c oxidase subunit 12 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase ...cytochrome c oxidase subunit 12 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B / cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c ...cytochrome c oxidase subunit 13 / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
糖 , 1種, 4分子

#25: 糖
ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 14種, 2610分子

#14: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#20: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#21: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#22: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#23: 化合物
ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#28: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 5.8 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.4133 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月8日 / 詳細: Undulator 3rd harmonic, Compound refractive lends
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochraomator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.4133 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 503312 / % possible obs: 98.09 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 38.511 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.153 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.974.230.9731.4490480.6970.5351.11696.33
1.97-2.054.40.7111.9494260.8010.3830.81196.87
2.05-2.144.560.5342.6498460.8670.2810.60797.68
2.14-2.254.720.4013.5501370.9050.2070.45398.23
2.25-2.394.740.3014.7504480.940.1560.34198.64
2.39-2.584.740.2326503670.9610.1190.26198.53
2.58-2.844.610.1698505470.9710.0880.19198.65
2.84-3.254.390.10311.5497200.9840.0540.11796.76
3.25-4.095.490.07717.1512510.9920.0360.08599.32
4.09-406.980.06523.3525220.9940.0260.0799.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0048精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0048位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1B

5b1b


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 6.226 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 25030 5 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1735 478268 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.32 Å2 / Biso mean: 42.87 Å2 / Biso min: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28506 0 2234 2558 33298
Biso mean--69.88 51.61 -
残基数----3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0232334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6592.01843763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92153669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22622.9821254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01154830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.13915128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.24618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02123481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.57132
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.461512
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4232LOOSE POSITIONAL0.215
1A4232LOOSE THERMAL1.7710
2B1872LOOSE POSITIONAL0.375
2B1872LOOSE THERMAL3.3610
3C2646LOOSE POSITIONAL0.45
3C2646LOOSE THERMAL1.9510
4D1157LOOSE POSITIONAL0.65
4D1157LOOSE THERMAL8.8210
5E841LOOSE POSITIONAL0.285
5E841LOOSE THERMAL2.7410
6F701LOOSE POSITIONAL0.485
6F701LOOSE THERMAL3.3410
7G633LOOSE POSITIONAL0.395
7G633LOOSE THERMAL2.4210
8H662LOOSE POSITIONAL0.55
8H662LOOSE THERMAL2.310
9I593LOOSE POSITIONAL0.745
9I593LOOSE THERMAL3.1510
10J460LOOSE POSITIONAL0.365
10J460LOOSE THERMAL1.8910
11K391LOOSE POSITIONAL0.235
11K391LOOSE THERMAL2.1210
12L380LOOSE POSITIONAL0.365
12L380LOOSE THERMAL1.9510
13M335LOOSE POSITIONAL0.375
13M335LOOSE THERMAL2.210
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 1768 -
Rwork0.302 34518 -
all-36286 -
obs--96.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2052-0.0054-0.08450.11720.00160.26270.02230.04760.02530.00420.00080.0150.0015-0.0434-0.02310.00340.0120.00290.22370.00990.00662.008305.719197.85
20.33040.07180.06890.1936-0.01420.40060.03230.1177-0.07810.01740.0219-0.081-0.02930.0925-0.05420.00690.0023-0.0070.2345-0.03380.0476125.679310.523194.1
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 607
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION1M101
5X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
6X-RAY DIFFRACTION1B302
7X-RAY DIFFRACTION1E201
8X-RAY DIFFRACTION1C3 - 261
9X-RAY DIFFRACTION1A608
10X-RAY DIFFRACTION1C301 - 307
11X-RAY DIFFRACTION1G101
12X-RAY DIFFRACTION1T101
13X-RAY DIFFRACTION1D4 - 147
14X-RAY DIFFRACTION1E5 - 109
15X-RAY DIFFRACTION1F1 - 98
16X-RAY DIFFRACTION1F101
17X-RAY DIFFRACTION1G1 - 84
18X-RAY DIFFRACTION1H7 - 85
19X-RAY DIFFRACTION1I1 - 73
20X-RAY DIFFRACTION1J1 - 58
21X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
22X-RAY DIFFRACTION1L2 - 47
23X-RAY DIFFRACTION1M1 - 43
24X-RAY DIFFRACTION1A707 - 962
25X-RAY DIFFRACTION1B404 - 592
26X-RAY DIFFRACTION1C401 - 523
27X-RAY DIFFRACTION1D301 - 441
28X-RAY DIFFRACTION1E301 - 389
29X-RAY DIFFRACTION1F211 - 288
30X-RAY DIFFRACTION1G201 - 249
31X-RAY DIFFRACTION1H168
32X-RAY DIFFRACTION1K130 - 144
33X-RAY DIFFRACTION1L205 - 236
34X-RAY DIFFRACTION1N706 - 963
35X-RAY DIFFRACTION1O402 - 419
36X-RAY DIFFRACTION1P402 - 513
37X-RAY DIFFRACTION1R354 - 382
38X-RAY DIFFRACTION1S211 - 309
39X-RAY DIFFRACTION1T240
40X-RAY DIFFRACTION1U155
41X-RAY DIFFRACTION1V136
42X-RAY DIFFRACTION1X101
43X-RAY DIFFRACTION2N1 - 514
44X-RAY DIFFRACTION2N601 - 607
45X-RAY DIFFRACTION2Z101
46X-RAY DIFFRACTION2O1 - 227
47X-RAY DIFFRACTION2O302
48X-RAY DIFFRACTION2R201
49X-RAY DIFFRACTION2P3 - 261
50X-RAY DIFFRACTION2G102
51X-RAY DIFFRACTION2N609
52X-RAY DIFFRACTION2P301 - 305
53X-RAY DIFFRACTION2T102 - 103
54X-RAY DIFFRACTION2Q4 - 147
55X-RAY DIFFRACTION2R5 - 109
56X-RAY DIFFRACTION2S1 - 98
57X-RAY DIFFRACTION2S101
58X-RAY DIFFRACTION2T1 - 84
59X-RAY DIFFRACTION2U7 - 85
60X-RAY DIFFRACTION2V1 - 73
61X-RAY DIFFRACTION2W1 - 58
62X-RAY DIFFRACTION2X6 - 54
63X-RAY DIFFRACTION2Y2 - 47
64X-RAY DIFFRACTION2Z1 - 43
65X-RAY DIFFRACTION2B401 - 403

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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