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- PDB-6j7z: Human mitochondrial Oligoribonuclease in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j7z
タイトルHuman mitochondrial Oligoribonuclease in complex with RNA
要素
  • Oligoribonuclease, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE / Exoribonuclease / Mitochonrial Oligoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix ...Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / focal adhesion / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oligoribonuclease / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / RNA / Oligoribonuclease, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.005 Å
データ登録者Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2019
タイトル: Structural insights into nanoRNA degradation by human Rexo2.
著者: Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Yuan, H.S.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease, mitochondrial
B: Oligoribonuclease, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8646
ポリマ－43,6233
非ポリマー2413
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.192, 125.892, 86.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-454-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oligoribonuclease, mitochondrial / RNA exonuclease 2 homolog / Small fragment nuclease


分子量: 21527.777 Da / 分子数: 2 / 変異: D199A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REXO2, SFN, SMFN, CGI-114 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y3B8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*U)-3')


分子量: 567.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 31548 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 2.932 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.036.90.50815400.9260.2080.5491.519100
2.03-2.076.90.41515460.9410.170.4491.635100
2.07-2.116.90.36915900.960.1510.3991.622100
2.11-2.156.90.33215540.9620.1350.3591.769100
2.15-2.26.90.27515820.9690.1130.2981.92199.9
2.2-2.256.90.23715500.980.0970.2562.113100
2.25-2.316.90.21215600.9810.0870.2292.354100
2.31-2.376.80.18615720.9840.0770.2012.47499.9
2.37-2.446.80.16815690.9870.070.1822.586100
2.44-2.526.80.14515670.990.060.1572.736100
2.52-2.616.80.1315900.9910.0540.1412.982100
2.61-2.716.70.11215620.9920.0470.1223.20799.9
2.71-2.846.60.09815650.9930.0410.1063.45499.9
2.84-2.996.50.08715810.9950.0370.0953.823100
2.99-3.176.10.07916090.9960.0350.0874.243100
3.17-3.425.90.06815730.9960.030.0754.447100
3.42-3.7660.06115940.9950.0270.0674.56199.9
3.76-4.3160.05516020.9970.0240.064.39499.7
4.31-5.4360.05216380.9970.0230.0574.29999.8
5.43-505.60.04616040.9970.020.053.66394.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IGI

2igi


解像度: 2.005→27.405 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 2000 6.34 %
Rwork0.2058 --
obs0.2072 31521 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.31 Å2 / Biso mean: 45.4916 Å2 / Biso min: 19.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.005→27.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2629 40 15 124 2808
Biso mean--75.28 50.11 -
残基数----323
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0052-2.05540.25541380.23672032217097
2.0554-2.11090.24361410.234920852226100
2.1109-2.1730.26881420.233120922234100
2.173-2.24310.25091420.225621022244100
2.2431-2.32330.27321410.228720872228100
2.3233-2.41620.27751410.230620752216100
2.4162-2.52610.27481440.228321242268100
2.5261-2.65920.22861430.228621062249100
2.6592-2.82560.24671430.232821232266100
2.8256-3.04360.27921430.22521182261100
3.0436-3.34940.22511440.218621182262100
3.3494-3.83290.19061460.18721432289100
3.8329-4.82470.17411460.16721562302100
4.8247-27.40710.23771460.19872160230696
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.1829 Å / Origin y: 150.6185 Å / Origin z: -0.0866 Å
111213212223313233
T0.2505 Å2-0.036 Å20.0058 Å2-0.2225 Å20.0277 Å2--0.2004 Å2
L2.3456 °2-0.3306 °2-0.504 °2-0.5207 °20.1412 °2--1.2479 °2
S0.0586 Å °-0.1442 Å °0.2032 Å °0.096 Å °0.0184 Å °-0.1085 Å °-0.2208 Å °0.0775 Å °-0.053 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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