+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j7z | ||||||
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Title | Human mitochondrial Oligoribonuclease in complex with RNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Exoribonuclease / Mitochonrial Oligoribonuclease | ||||||
Function / homology | Function and homology information Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix ...Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / focal adhesion / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.005 Å | ||||||
Authors | Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Yuan, H.S. | ||||||
Citation | Journal: Rna / Year: 2019 Title: Structural insights into nanoRNA degradation by human Rexo2. Authors: Chu, L.Y. / Agrawal, S. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Yuan, H.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j7z.cif.gz | 156.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j7z.ent.gz | 120.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j7z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6j7yC 6j80C 2igiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21527.777 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D199A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: REXO2, SFN, SMFN, CGI-114 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9Y3B8, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | | Mass: 567.374 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 54.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M Ammonium citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Sep 11, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 31548 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 2.932 / Net I/σ(I): 17.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2IGI Resolution: 2.005→27.405 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.31 Å2 / Biso mean: 45.4916 Å2 / Biso min: 19.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.005→27.405 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 30.1829 Å / Origin y: 150.6185 Å / Origin z: -0.0866 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |