PDB-6j7m: Complex structure of the Pseudomonas aeruginosa rhamnosyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j7m

タイトル

Complex structure of the Pseudomonas aeruginosa rhamnosyltransferase EarP with the acceptor elongation factor EF-P

要素

Earp
Elongation factor P

キーワード

TRANSFERASE / rhamnosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine rhamnosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

He, C. / Li, F.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P.
著者: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y.

履歴

登録	2019年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j7m.cif.gz	443.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j7m.ent.gz	358.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j7m_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j7m_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6j7m_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	6j7m_validation.cif.gz	59.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j7jSC 6j7kC 6j7lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v6r-2 3qcf-d 6ebd-d 1szr-1 1qu4-2 2nv9-2 1gve-d 1dqs-d 2h4v-d 5mn7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Earp

C: Earp

M: Elongation factor P

N: Elongation factor P

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Earp

M: Elongation factor P

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Earp

N: Elongation factor P

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	223.452, 56.736, 132.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Earp 分子量: 45060.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA2852 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZZ1
#2: タンパク質	Elongation factor P / EF-P 分子量: 23466.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: efp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZZ2
#3: 化合物	ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP 分子量: 402.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% PEG8K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 59438 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 231937

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	3.8	0.468	5872	0.822	0.266	0.541	0.519	98
2.38-2.48	3.6	0.382	5872	0.862	0.225	0.446	0.551	98.3
2.48-2.59	3.9	0.318	5868	0.906	0.178	0.367	0.589	98.1
2.59-2.73	4	0.252	5899	0.9	0.138	0.289	0.686	98.5
2.73-2.9	4	0.203	5907	0.955	0.112	0.233	0.755	98.8
2.9-3.12	3.8	0.16	5966	0.965	0.09	0.185	0.948	98.9
3.12-3.44	3.9	0.122	5942	0.975	0.068	0.141	1.264	99.2
3.44-3.93	4.1	0.102	5986	0.984	0.055	0.116	1.55	99.2
3.93-4.95	3.8	0.083	6005	0.988	0.047	0.096	1.719	98.6
4.95-40	4	0.072	6121	0.992	0.04	0.083	1.636	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J7J

6j7j

解像度: 2.301→38.041 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	2809	4.85 %
R_work	0.1881	55142	-
obs	0.1907	57951	95.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.28 Å² / B_iso mean: 47.6289 Å² / B_iso min: 16.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.301→38.041 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8780	0	62	354	9196
B_iso mean	-	-	36.11	43	-
残基数	-	-	-	-	1111

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.301-2.3407	0.3105	113	0.2605	2190	2303	76
2.3407-2.3832	0.3044	151	0.2516	2690	2841	95
2.3832-2.4291	0.3132	137	0.2485	2704	2841	95
2.4291-2.4787	0.3264	122	0.2423	2741	2863	94
2.4787-2.5325	0.2764	142	0.233	2745	2887	96
2.5325-2.5914	0.297	137	0.2246	2761	2898	96
2.5914-2.6562	0.2627	136	0.2158	2756	2892	96
2.6562-2.728	0.269	146	0.2151	2788	2934	96
2.728-2.8083	0.3233	156	0.2202	2772	2928	97
2.8083-2.8989	0.2502	148	0.2212	2737	2885	97
2.8989-3.0025	0.2679	147	0.2232	2811	2958	96
3.0025-3.1226	0.2986	142	0.214	2782	2924	96
3.1226-3.2647	0.2615	122	0.212	2796	2918	97
3.2647-3.4367	0.2697	113	0.2002	2847	2960	98
3.4367-3.6518	0.2712	134	0.1832	2828	2962	97
3.6518-3.9335	0.2181	152	0.167	2832	2984	98
3.9335-4.3289	0.203	153	0.1541	2808	2961	96
4.3289-4.9541	0.178	139	0.1377	2795	2934	96
4.9541-6.2372	0.2188	153	0.167	2856	3009	97
6.2372-38.0463	0.2027	166	0.1682	2903	3069	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.282	0.4293	-1.6099	1.0252	-0.997	1.5538	0.2523	-0.015	-0.1253	0.1175	-0.1365	0.1066	-0.1393	0.0502	-0.1111	0.4638	0.0438	0.0365	0.362	0.0748	0.4552	-67.8485	-9.835	45.2156
2	2.0667	-0.951	-1.301	4.9242	2.2874	3.5244	0.2818	0.307	-0.5192	-0.1542	-0.1768	0.4273	0.22	-0.0685	-0.0901	0.4226	0.1316	-0.137	0.6836	-0.0552	0.6675	-77.0147	-25.215	40.6918
3	6.7277	-2.4107	-1.5287	1.6831	1.3392	2.2184	-0.0713	0.3363	-0.2464	-0.0149	0.0805	0.0982	0.1577	0.2429	-0.026	0.3264	0.037	0.0033	0.3743	-0.0021	0.3267	5.3437	6.7424	15.0122
4	3.0793	-0.3331	-0.0323	2.8806	0.7674	6.0174	0.3573	-0.0161	-0.349	0.1923	-0.1001	-0.0858	0.6571	0.1356	-0.2119	0.4207	0.0677	-0.1384	0.5602	0.0102	0.551	16.7007	0.9887	29.3637
5	1.7711	0.0158	0.6611	1.8354	0.0636	2.7047	-0.0002	-0.1215	0.0501	0.3782	0.0193	0.1025	-0.2704	0.1376	-0.0188	0.4046	0.093	0.0159	0.2498	0.0143	0.3044	-46.7583	5.3445	33.8555
6	1.9966	-0.7545	-0.6811	1.9674	0.4253	2.0454	-0.0174	0.2484	-0.1031	-0.2125	-0.0433	0.1176	0.0192	-0.0955	0.0624	0.3312	-0.0037	-0.0972	0.274	0.0056	0.2591	-44.8226	-6.0292	8.2472
7	2.0801	-0.9857	-2.1035	1.8933	0.7384	2.6368	0.1674	0.0142	0.1382	0.1192	-0.1002	0.6478	-0.8598	-0.6099	0.0354	0.4499	0.141	0.0518	0.2695	-0.0032	0.4508	-58.2129	13.6125	33.3605
8	1.5098	-0.8672	0.7071	3.0984	0.1732	2.9741	-0.0498	0.1084	-0.0045	0.0909	0.1079	0.0038	-0.1175	-0.1536	-0.0617	0.2221	0.001	0.0205	0.3002	-0.0012	0.2544	-21.461	26.7493	16.0331
9	1.8436	0.646	-1.4474	0.6328	-0.3108	2.4706	0.1261	-0.0926	0.0967	0.1475	-0.0345	-0.0209	-0.1624	0.0982	-0.0867	0.3081	-0.0076	0.0125	0.307	-0.0071	0.2495	-19.6233	28.9986	39.5117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'M' and (resid 0 through 78 )	M	0 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'M' and (resid 79 through 187 )	M	79 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'N' and (resid 0 through 70 )	N	0 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'N' and (resid 71 through 187 )	N	71 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 0 through 154 )	A	0 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 155 through 364 )	A	155 - 364
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 365 through 376 )	A	365 - 376
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 0 through 54 )	C	0 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 155 through 376 )	C	155 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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