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- PDB-2nv9: The X-ray Crystal Structure of the Paramecium bursaria Chlorella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nv9
タイトルThe X-ray Crystal Structure of the Paramecium bursaria Chlorella virus arginine decarboxylase
要素A207R protein, arginine decarboxylase
キーワードLYASE / Arginine decarboxylase / PLP / TIM barrel / Eukaryotic-like ODC
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine biosynthetic process from arginine, via ornithine / ornithine decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能
Ornithine decarboxylase / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal ...Ornithine decarboxylase / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Arginine/Ornithine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shah, R.H. / Akella, R. / Goldsmith, E. / Phillips, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: X-ray Structure of Paramecium bursaria Chlorella Virus Arginine Decarboxylase: Insight into the Structural Basis for Substrate Specificity.
著者: Shah, R. / Akella, R. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A.
履歴
登録2006年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A207R protein, arginine decarboxylase
B: A207R protein, arginine decarboxylase
C: A207R protein, arginine decarboxylase
D: A207R protein, arginine decarboxylase
E: A207R protein, arginine decarboxylase
F: A207R protein, arginine decarboxylase
G: A207R protein, arginine decarboxylase
H: A207R protein, arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,84216
ポリマ－335,8658
非ポリマー1,9778
水21,0961171
1
A: A207R protein, arginine decarboxylase
B: A207R protein, arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4604
ポリマ－83,9662
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
2
C: A207R protein, arginine decarboxylase
D: A207R protein, arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4604
ポリマ－83,9662
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27670 Å2
手法PISA
3
E: A207R protein, arginine decarboxylase
F: A207R protein, arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4604
ポリマ－83,9662
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27800 Å2
手法PISA
4
G: A207R protein, arginine decarboxylase
H: A207R protein, arginine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4604
ポリマ－83,9662
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.108, 116.874, 269.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological dimer is formed between Chains A and B, C and D, E and F, G and H in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
A207R protein, arginine decarboxylase


分子量: 41983.066 Da / 分子数: 8 / 変異: T142A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 遺伝子: A207R / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84527, arginine decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6% PEG-8000, 100 mM imidazole, 200 mM calcium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98066 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 265968 / Num. obs: 235979 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.252 / Num. unique all: 13181 / Χ2: 0.546 / % possible all: 50.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 6.31 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.16
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1455 0.6 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.21081 265968 --
obs0.211 235861 88.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23365 0 128 1171 24664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02224097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9532751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09552922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37824.661163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.977153867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7781588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.23596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.211799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.216446
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.21453
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8511.515078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.025223829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.015310351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6624.58922
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 58 -
Rwork0.255 9232 -
obs-9290 47.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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