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Yorodumi- PDB-6j7k: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j7k | ||||||
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Title | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa Earp in complex with TDP-Rha | ||||||
Components | Pseudomonas aeruginosa Earp | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / rhamnosyltransferase | ||||||
Function / homology | protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Protein-arginine rhamnosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | He, C. / Li, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2019 Title: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P. Authors: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j7k.cif.gz | 177.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j7k.ent.gz | 138 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j7k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j7k_validation.pdf.gz | 748.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6j7k_full_validation.pdf.gz | 753.6 KB | Display | |
Data in XML | 6j7k_validation.xml.gz | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6j7k_validation.cif.gz | 26.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6j7jSC 6j7lC 6j7mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46318.742 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA2852 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZZ1 |
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#2: Chemical | ChemComp-TRH / |
#3: Chemical | ChemComp-MES / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M MES pH6.5, 12% PEG20K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→40 Å / Num. obs: 28155 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.614 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 186832 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6J7J Resolution: 2.15→38.638 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.46 Å2 / Biso mean: 35.6682 Å2 / Biso min: 12.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→38.638 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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