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- PDB-6j6w: Mutant K23N of heat shock factor 4-DBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6w
タイトルMutant K23N of heat shock factor 4-DBD
要素Heat shock factor protein 4熱ショック因子
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcriptional factor (転写因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 細胞生物学 / lens fiber cell differentiation / 視覚 / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cell differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein phosphatase binding / transcription by RNA polymerase II ...: / 細胞生物学 / lens fiber cell differentiation / 視覚 / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of cell differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein phosphatase binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / 熱ショック因子 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
硝酸塩 / Heat shock factor protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.693 Å
データ登録者Xiao, Z.Y. / Cui, L.W. / Wang, S. / Liu, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mutant K23N of heat shock factor 4-DBD at 1.69 Angstroms resolution.
著者: Xiao, Z.Y. / Cui, L.W. / Wang, S. / Liu, W.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock factor protein 4
B: Heat shock factor protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6229
ポリマ－24,3442
非ポリマー2787
水4,252236
1
A: Heat shock factor protein 4
B: Heat shock factor protein 4
ヘテロ分子

A: Heat shock factor protein 4
B: Heat shock factor protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,24418
ポリマ－48,6884
非ポリマー55614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.632, 65.047, 80.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-381-

HOH

21B-383-

HOH

31B-390-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Heat shock factor protein 4 / 熱ショック因子 / hHSF4 / Heat shock transcription factor 4 / HSTF 4


分子量: 12171.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSF4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ULV5
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→27.17 Å / Num. obs: 26197 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.69→1.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.693→27.169 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 1246 4.76 %
Rwork0.1711 --
obs0.1727 26196 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.693→27.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 16 236 1798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2072201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7541138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6929-1.76070.24891120.20162453X-RAY DIFFRACTION87
1.7607-1.84080.23841440.19392673X-RAY DIFFRACTION96
1.8408-1.93780.22771410.18262745X-RAY DIFFRACTION98
1.9378-2.05920.19481330.16062771X-RAY DIFFRACTION99
2.0592-2.21810.16821450.1552790X-RAY DIFFRACTION99
2.2181-2.44120.20971220.16742811X-RAY DIFFRACTION99
2.4412-2.79420.22511370.18022863X-RAY DIFFRACTION100
2.7942-3.51920.18011590.1722840X-RAY DIFFRACTION100
3.5192-27.17230.21261530.1643004X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37590.50690.52050.9590.03552.41080.0962-0.28090.19210.14610.0852-0.0012-0.0739-0.0341-0.05830.08530.00410.01030.1559-0.07790.0764-9.9073-24.461815.0408
21.4737-1.494-1.31656.06351.00513.71050.0482-0.31460.22620.49050.02310.2906-0.2994-0.2189-0.10730.14510.05430.03490.3295-0.17790.2119-11.4515-15.544824.784
32.72530.29920.06333.87470.28324.4686-0.0613-0.34190.05190.18240.0488-0.1865-0.21110.16280.06510.0883-0.0347-0.01560.1773-0.12180.2175-1.8119-17.500120.1285
43.7723-0.92441.66484.2592-0.28444.58190.0027-0.21780.62220.01770.0290.3246-0.6715-0.4371-0.01190.25080.03680.09830.0747-0.05460.2904-10.1244-12.89017.0442
52.9781-0.5455-0.05984.337-0.07412.45250.1071-0.02820.1938-0.1817-0.0113-0.0523-0.1485-0.0302-0.06820.0585-0.01360.01280.0582-0.02750.0619-6.9373-25.14716.5427
60.8128-0.66490.22672.8925-0.36344.59590.0031-0.05950.18310.20230.4088-1.0447-0.45131.057-0.4090.1999-0.0220.01480.2378-0.09720.25123.3382-26.41965.6679
71.14010.0821-0.40190.4009-0.22110.69840.13230.42420.4343-0.09540.13430.0856-0.1712-0.18050.14010.1142-0.00140.08080.16570.27550.1115-11.5652-17.5194-12.5661
82.4083-0.67811.57251.3605-0.92313.7868-0.00920.63120.6605-0.00770.07110.031-0.45360.08680.07270.22990.07720.0890.20560.19910.4315-16.2775-11.0385-8.0286
90.734-0.52940.15825.03920.16782.54920.030.14250.2804-0.03440.05560.3386-0.1673-0.2998-0.05130.0850.03320.02640.09520.05020.133-18.3258-23.8656-3.3545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 77 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 98 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 112 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 113 through 119 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 57 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 58 through 98 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 99 through 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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