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- PDB-6j5g: Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j5g
タイトルComplex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein
要素
  • Envelope protein E
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / protective and neutralizing antibody / flavivirus envelope protein / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne encephalitis virus European subtype
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.291 Å
データ登録者Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Tien, P. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of a Protective/Neutralizing Monoclonal Antibody Targeting Envelope Proteins of both Tick-Borne Encephalitis Virus and Louping Ill Virus.
著者: Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Gao, G.F. / Tien, P.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein E
H: antibody heavy chain
L: antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7653
ポリマ－69,7653
非ポリマー00
水00
1
A: Envelope protein E
H: antibody heavy chain
L: antibody light chain

A: Envelope protein E
H: antibody heavy chain
L: antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,5316
ポリマ－139,5316
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)135.731, 100.693, 140.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein E


分子量: 44618.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus European subtype (strain Neudoerfl) (ウイルス)
株: Neudoerfl
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P14336
#2: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 13169.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 抗体 antibody light chain


分子量: 11977.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium acetate pH 5, 5% PGA-LM, 8% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 28405 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 105.68 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.259 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.499 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 2816 / CC1/2: 0.577 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVB, 5GRJ

1svb

5grj


解像度: 3.291→46 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1135 4.99 %
Rwork0.2077 --
obs0.2084 22756 80.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.291→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 0 0 4579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5026371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3921685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2909-3.44060.3156320.3056678X-RAY DIFFRACTION20
3.4406-3.6220.3265910.26661505X-RAY DIFFRACTION45
3.622-3.84880.27151390.24372686X-RAY DIFFRACTION80
3.8488-4.14580.21341570.22553303X-RAY DIFFRACTION99
4.1458-4.56260.16961910.17393332X-RAY DIFFRACTION100
4.5626-5.22210.18831810.16923371X-RAY DIFFRACTION100
5.2221-6.57620.22351720.20553356X-RAY DIFFRACTION99
6.5762-46.00450.24271720.21813390X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3977-0.26050.59251.69050.58390.8936-0.6610.08650.5254-0.63070.1739-0.49130.22920.550.27281.5728-0.21020.1582.30690.06171.3817-25.21411.8581183.8827
20.29760.14950.39450.1453-0.48052.06770.1096-1.0135-0.2580.04410.35050.06750.4475-1.4682-0.26021.2521-0.0491-0.10742.46110.11330.675-37.6536-4.7459145.3119
33.10960.15350.5423.88790.62514.34130.12170.43790.0721-0.30370.21860.1458-0.2607-0.2695-0.16590.28260.1006-0.01790.27780.06050.4184-5.30832.9681191.1938
41.5926-0.0299-0.47763.40993.43293.6307-0.0305-0.4708-0.21410.62580.05030.65510.2661-0.1535-0.10760.55210.04760.07510.2235-0.0310.5342-3.7002-30.5217214.3401
55.05470.4892.00752.5743-1.68813.1141-0.05390.6532-0.13420.0035-0.15640.2134-0.08470.19820.12050.2343-0.03290.02530.1478-0.00670.3155-0.3814-22.1572206.1576
64.5306-1.3019-1.43794.95690.55376.42520.04380.1988-0.0148-0.37010.41120.99290.0931-0.41540.01480.1896-0.0405-0.00080.2107-0.0590.5854-6.8495-26.3826205.0394
72.90671.25070.38764.4994-1.54712.4237-0.0017-0.1766-0.1581-0.08070.19660.0946-0.1491-0.2245-0.1880.28620.04960.03770.2046-0.00830.36312.2775-27.297208.6222
85.7093-6.10694.99646.8963-5.15994.7828-0.00070.8966-1.0996-0.1175-0.2564-0.0310.56390.31130.0390.27620.20650.00890.4214-0.05240.481916.1719-19.4301197.2658
94.9599-1.0993-1.44354.2995-1.7758.1720.0108-0.56610.3076-0.18670.0027-1.31450.25931.1221-0.09930.30370.0203-0.02860.35610.02610.806130.4309-23.7309212.97
105.7143-4.72155.97215.821-5.57316.45480.03190.35480.1286-0.31950.10340.3315-0.29610.2074-0.17860.24610.020.0840.21940.04350.486723.4995-16.9764203.4469
110.64630.3915-0.34641.15940.29520.9444-0.0310.22640.1256-0.2990.05730.03080.1555-0.19790.33050.5042-0.1765-0.1219-0.04040.01570.719913.8817-13.7649204.7453
124.7604-2.6258-2.13231.8024-0.36967.7909-0.2513-1.0071-1.2590.4358-0.15380.38860.45190.43690.12130.3101-0.0377-0.03570.29960.04430.56313.2227-24.4792215.6462
134.4943-3.18310.53028.7145-4.79793.0975-0.3103-0.50790.78670.73710.3526-0.0351-1.04340.3121-0.0270.4236-0.1135-0.04480.2824-0.04150.527117.6171-10.734214.5761
146.3644-3.83245.82187.7352-6.55977.1355-0.6268-0.36180.58350.77270.0608-0.2556-0.9617-0.38320.52410.25080.01620.04760.2759-0.06310.45224.1277-17.241213.0732
152.6121-1.66680.97642.2833-1.63311.18310.4306-0.27330.3588-0.4049-0.4378-0.4470.45740.0635-0.11470.3077-0.09310.0410.172-0.07660.477810.6909-18.1688202.7971
165.0694-4.67623.78716.4639-0.98256.83810.32760.0418-2.1280.2926-0.57620.00131.18971.1273-0.10370.4177-0.0554-0.09540.43550.22810.662327.1506-28.6054212.4318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 282 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 283 through 397 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 28 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 29 through 60 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 61 through 83 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 84 through 120 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 7 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 8 through 18 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 19 through 25 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 26 through 38 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 39 through 48 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 49 through 67 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 68 through 83 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 84 through 102 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 103 through 108 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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