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Yorodumi- PDB-6j5f: Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis vi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j5f | ||||||
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Title | Complex structure of MAb 4.2-scFv with tick-borne encephalitis virus envelope protein Domain III | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / protective and neutralizing antibody / flavivirus envelope protein / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information membrane => GO:0016020 / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Tick-borne encephalitis virus Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Tien, P. / Gao, G.F. | ||||||
Citation | Journal: J. Virol. / Year: 2019 Title: Molecular Basis of a Protective/Neutralizing Monoclonal Antibody Targeting Envelope Proteins of both Tick-Borne Encephalitis Virus and Louping Ill Virus. Authors: Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Gao, G.F. / Tien, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j5f.cif.gz | 148 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j5f.ent.gz | 115.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j5f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j5f_validation.pdf.gz | 440.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6j5f_full_validation.pdf.gz | 443.1 KB | Display | |
Data in XML | 6j5f_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6j5f_validation.cif.gz | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/6j5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/6j5f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6j5cC 6j5dC 6j5gC 1svbS 5grjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11032.542 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Domain III Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tick-borne encephalitis virus Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A096YGU7 |
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#2: Antibody | Mass: 13169.531 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) |
#3: Antibody | Mass: 11977.288 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.06 Å3/Da / Density % sol: 59.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1% w/v tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 2, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 41293 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 24.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 27.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique obs: 4076 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1SVB, 5GRJ Resolution: 1.801→39.954 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.97
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→39.954 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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