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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j52 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CARD-only protein in frog virus 3 | ||||||
![]() | Caspase recruitment domain-only protein | ||||||
![]() | APOPTOSIS / Death domain superfamily / Caspase recruitment domain / CARD-only protein / Domain swapping | ||||||
機能・相同性 | CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / regulation of apoptotic process / Putative interleukin-1 beta convertase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, H.H. / Kwon, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural transformation-mediated dimerization of caspase recruitment domain revealed by the crystal structure of CARD-only protein in frog virus 3. 著者: Kim, C.M. / Ha, H.J. / Kwon, S. / Jeong, J.H. / Lee, S.H. / Kim, Y.G. / Lee, C.S. / Lee, J.H. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dgnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11568.339 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf64R, RUK13gorf64R, SSMEgorf64R / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5M NaCl, 0.1M imidazole pH 8.0, 10%(w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15193 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 38.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 780 / Rsym value: 0.216 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DGN 解像度: 2.504→40.098 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.28
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.504→40.098 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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