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- PDB-1lfm: CRYSTAL STRUCTURE OF COBALT(III)-SUBSTITUTED CYTOCHROME C (TUNA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lfm
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COBALT(III)-SUBSTITUTED CYTOCHROME C (TUNA)
要素CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C / Folding / Intermediates
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Thunnus thynnus (クロマグロ)
手法X線回折 / rigid body refinement / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Findley, W.M. / Crane, B.R. / Ross, S.A. / Lyubovitsky, J.G. / Gray, H.B. / Winkler, J.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Using deeply trapped intermediates to map the cytochrome c folding landscape.
著者: Tezcan, F.A. / Findley, W.M. / Crane, B.R. / Ross, S.A. / Lyubovitsky, J.G. / Gray, H.B. / Winkler, J.R.
履歴
登録2002年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0194
ポリマ－22,7802
非ポリマー1,2392
水6,738374
1
A: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0102
ポリマ－11,3901
非ポリマー6201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0102
ポリマ－11,3901
非ポリマー6201
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.175, 74.175, 35.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C


分子量: 11390.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thunnus thynnus (クロマグロ) / Organelle: mitochondria / 参照: UniProt: P81459
#2: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: (NH4)2SO4, NaCl, Na3PO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
150 mg/mlprotein1drop
270-75 %satammonium sulfate1reservoir
30.75 M1reservoirNaCl
40.1 MNaPi1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→15.69 Å / Num. all: 31317 / Num. obs: 27926 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2738 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 88.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称分類
XFITデータ削減
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: rigid body refinement
開始モデル: 3CYT

3cyt


解像度: 1.5→15.69 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2224 8 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.183 31317 --
obs0.183 27926 89.2 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1600 0 86 374 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 225 -
Rwork0.361 --
obs-2762 88.4 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.366 / Rfactor Rwork: 0.361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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