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万見
- PDB-6j17: ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j17
タイトルATPase
要素ESX-3 secretion system protein EccC3
キーワードMOTOR PROTEIN / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ESX-3 secretion system protein EccC3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.975 Å
データ登録者Wang, S.H. / Li, J. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
National Natural Science Foundation of China31500607 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the type VII secretion system.
著者: Wang, S. / Zhou, K. / Yang, X. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Xiao, Y. / Yang, X. / Yang, H. / Guddat, L.W. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2018年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-3 secretion system protein EccC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4833
ポリマ－34,9511
非ポリマー5312
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.363, 56.628, 93.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESX-3 secretion system protein EccC3 / ESX conserved component C3 / Type VII secretion system protein EccC3 / T7SS protein EccC3


分子量: 34951.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccC3, Rv0284 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNA9
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes/sodium hydroxide pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 20% (w/v) PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 19248 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 30.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.778 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 106252
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.97-23.70.4486790.7770.2490.5170.59667.3
2-2.044.10.3887970.8560.2010.440.59978.1
2.04-2.084.40.3918080.8460.2030.4440.60581.1
2.08-2.124.40.3948570.8430.2010.4460.65283.8
2.12-2.174.60.3648790.8820.1830.410.62786.9
2.17-2.224.60.3468790.8860.1710.3870.66486.4
2.22-2.274.70.369260.7620.180.4050.7690.5
2.27-2.344.70.3139400.9180.1530.350.74893.3
2.34-2.45.20.3059880.9240.1440.3390.71897.5
2.4-2.485.70.32410160.9350.1480.3570.71798.4
2.48-2.575.90.30710160.9360.1380.3380.69399.6
2.57-2.676.10.29710300.9510.1310.3250.72899.8
2.67-2.860.25610170.9480.1140.2810.78899.9
2.8-2.946.40.2110300.9710.0890.2290.80699.7
2.94-3.136.70.17110350.980.0710.1850.9299.6
3.13-3.376.60.13510350.9890.0570.1470.92299.9
3.37-3.716.20.10910400.990.0470.1191.08299.9
3.71-4.246.50.08810490.9910.0370.0960.965100
4.24-5.356.20.07110720.9950.030.0770.863100
5.35-505.90.05211550.9980.0230.0570.55699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NH0

4nh0


解像度: 1.975→46.35 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 930 4.85 %
Rwork0.1811 18242 -
obs0.1835 19172 93.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.95 Å2 / Biso mean: 44.3764 Å2 / Biso min: 18.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.975→46.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1955 0 32 148 2135
Biso mean--25.94 44.38 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3282776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3141231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9754-2.07950.30211000.21692105220577
2.0795-2.20980.25281310.20522330246185
2.2098-2.38040.23991270.19232545267292
2.3804-2.620.22411480.19492726287499
2.62-2.9990.2351070.198728142921100
2.999-3.77820.23471530.177427932946100
3.7782-46.36270.20851640.163929293093100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4779-0.3071.17551.8747-0.44745.2404-0.0963-0.17540.09930.68110.02840.3745-0.6215-0.59020.06030.4840.07390.11770.34770.00330.293612.56263.605633.0364
21.9087-0.43140.90863.2663-0.78124.09120.0940.1367-0.2021-0.3240.00020.58460.2594-0.4705-0.09310.21440.0142-0.02940.249-0.03420.299110.5102-4.432113.8259
33.70961.1478-1.60682.0664-0.91173.13690.22760.34961.2409-0.51720.41521.0165-1.0008-0.92840.36240.63120.1942-0.04180.53910.10470.6676.06613.46966.316
42.5106-0.32111.11651.60370.60313.51660.26680.3472-0.1049-0.5425-0.24870.1081-0.0320.2279-0.16430.40260.08850.01660.3011-0.00040.234220.098-2.85372.5564
52.9479-0.62161.63914.0044-0.7915.5034-0.1010.17590.1854-0.4942-0.0627-0.4697-0.25250.34360.14290.2434-0.00290.06680.22140.01370.242524.21222.757713.3932
64.24990.54980.27445.9765-0.60255.8853-0.0789-0.11520.03890.3552-0.0342-0.5716-0.07020.34080.09370.2860.0115-0.00630.1756-0.00420.209626.60560.707527.4666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1060 through 1096 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1097 through 1176 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1177 through 1201 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1202 through 1235 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1236 through 1271 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1272 through 1313 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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