[日本語] English
万見
- PDB-6j08: Crystal structure of human MAJIN and TERB2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j08
タイトルCrystal structure of human MAJIN and TERB2
要素
  • Membrane-anchored junction protein
  • Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / telomere / meiosis / protein-protein complex / nuclear envelope attachment
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic telomere clustering / synaptonemal complex assembly / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / nuclear inner membrane / oogenesis / spermatogenesis / chromosome, telomeric region / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Membrane-anchored junction protein / Membrane-anchored junction protein / Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2 / Telomere-associated protein TERB2
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-anchored junction protein / Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, Y. / Chen, Y. / Wu, J. / Huang, C. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The meiotic TERB1-TERB2-MAJIN complex tethers telomeres to the nuclear envelope.
著者: Wang, Y. / Chen, Y. / Chen, J. / Wang, L. / Nie, L. / Long, J. / Chang, H. / Wu, J. / Huang, C. / Lei, M.
履歴
登録2018年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane-anchored junction protein
D: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2
B: Membrane-anchored junction protein
E: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2
C: Membrane-anchored junction protein
F: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1856
ポリマ－51,1856
非ポリマー00
水00
1
A: Membrane-anchored junction protein
D: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0622
ポリマ－17,0622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
2
B: Membrane-anchored junction protein
E: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0622
ポリマ－17,0622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
3
C: Membrane-anchored junction protein
F: Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0622
ポリマ－17,0622
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.737, 128.767, 86.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-anchored junction protein


分子量: 13014.044 Da / 分子数: 3 / 断片: NTD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAJIN, C11orf85 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3KP22
#2: タンパク質・ペプチド Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2


分子量: 4047.547 Da / 分子数: 3 / 断片: TERB2 binding motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERB2, C15orf43 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NHR7
配列の詳細Sequence of chain A,B,C was based on isoform 1 of UNP database Q3KP22 (MAJIN_HUMAN).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 % / Mosaicity: 0.369 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL18U110.97776
シンクロトロンSSRF BL19U120.97776
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2016年9月14日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2016年9月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.977761
21
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 13769 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.428 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 182312
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-313.50.65513540.9310.1840.6810.508100
3-3.1213.80.41513380.9680.1160.4310.486100
3.12-3.2713.40.27213600.9820.0770.2830.522100
3.27-3.4412.80.18513540.9910.0530.1920.599100
3.44-3.6513.30.12313790.9950.0350.1280.665100
3.65-3.9413.80.08713600.9980.0240.090.849100
3.94-4.3313.40.06713750.9980.0190.071.2100
4.33-4.96130.05913840.9980.0170.0621.402100
4.96-6.2513.40.06713910.9980.0190.073.0599.9
6.25-10012.10.06514740.9950.020.0685.06199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→32.192 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 662 4.82 %
Rwork0.2117 13067 -
obs0.2142 13729 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.98 Å2 / Biso mean: 91.3919 Å2 / Biso min: 45.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→32.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 0 0 0 3432
残基数----411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9001-3.12380.34431220.262625592681
3.1238-3.43790.28811370.238625722709
3.4379-3.93460.27181330.223425942727
3.9346-4.95420.22731470.187626142761
4.9542-32.19370.26971230.211727282851
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5501-0.66341.53162.9333-1.28711.59830.1009-0.0889-0.00010.10450.0260.374-0.135-0.007500.53450.12850.02110.5582-0.07430.518920.684444.332541.1332
20.4094-1.0472-0.5165-0.3222-0.76692.26390.3218-0.30880.14080.0767-0.06650.134-0.0739-0.0487-00.70280.0849-0.15860.5603-0.02390.894917.328748.419435.4964
31.27420.79490.38393.561-0.84152.24510.0843-0.0711-0.09740.043-0.0361-0.10060.17420.257100.49540.0863-0.01760.5792-0.03280.44733.542358.21617.7406
41.2562.03981.29640.8228-1.64232.51950.3269-0.0673-0.22450.5108-0.1558-0.29130.42980.5451-00.78970.1919-0.05850.65210.01370.645833.271952.145321.6876
52.4562-0.2518-0.53311.2886-0.03112.7141-0.1437-0.0502-0.0878-0.0030.15310.2032-0.3799-0.054300.49450.05230.08580.45040.00580.534816.350678.062510.5881
61.56720.7938-0.41221.60660.43160.97460.64510.47440.3579-0.4969-0.30360.166-0.8046-0.3729-00.72090.20140.00390.8629-0.00320.71348.107278.83511.0017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2chain DD174 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3chain BB1 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4chain EE175 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain CC1 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF175 - 208

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る