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- PDB-6iy9: Crystal structure of aminoglycoside 7"-phoshotransferase-Ia (APH(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iy9
タイトルCrystal structure of aminoglycoside 7"-phoshotransferase-Ia (APH(7")-Ia/HYG) from Streptomyces hygroscopicus complexed with hygromycin B
要素Hygromycin-B 7''-O-kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hygromycin-B 7''-O-kinase / hygromycin-B 7''-O-phosphotransferase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hygromycin-B kinase / : / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / HYGROMYCIN B VARIANT / Hygromycin-B 7''-O-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Takenoya, M. / Shimamura, T. / Yamanaka, R. / Adachi, Y. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Nakamura, A. / Yajima, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the substrate recognition of aminoglycoside 7''-phosphotransferase-Ia from Streptomyces hygroscopicus.
著者: Takenoya, M. / Shimamura, T. / Yamanaka, R. / Adachi, Y. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Nakamura, A. / Yajima, S.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hygromycin-B 7''-O-kinase
B: Hygromycin-B 7''-O-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4328
ポリマ－76,5852
非ポリマー1,8486
水37821
1
A: Hygromycin-B 7''-O-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2164
ポリマ－38,2921
非ポリマー9243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
2
B: Hygromycin-B 7''-O-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2164
ポリマ－38,2921
非ポリマー9243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.590, 151.590, 151.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Hygromycin-B 7''-O-kinase / Aminoglycoside phosphotransferase 7"-Ia / APH(7'') / Hygromycin B phosphotransferase / Hygromycin-B kinase


分子量: 38292.324 Da / 分子数: 2 / 変異: D63G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
遺伝子: hyg / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P09979, hygromycin-B 7''-O-kinase
#2: 化合物 ChemComp-HY0 / HYGROMYCIN B VARIANT / (2R,3'R,3aS,4S,4'S,5'R,6R,6'R,7S,7aS)-4-[(1R,2S,3R,5S,6R)-3-azanyl-2,6-dihydroxy-5-(methylamino)cyclohexyl]oxy-6'-[(1S) -1-azanyl-2-hydroxy-ethyl]-6-(hydroxymethyl)spiro[4,6,7,7a-tetrahydro-3aH-[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-oxane]-3',4',5', 7-tetrol


分子量: 527.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H37N3O13
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M CHES, pH 8.8, 1.38-1.40 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45592 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 62.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 64.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6572 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2330 5.1 %Random selection
Rwork0.225 ---
obs0.226 45592 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 103.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5137 0 124 21 5282
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 --
Rwork0.329 --
obs-2676 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.06761.1551-3.2666.89766.30927.7483-0.82080.7735-1.0639-0.54430.6878-0.25540.86630.76750.0991.2455-0.02890.14530.6335-0.06490.75838.8397-13.261830.366
22.73980.05360.6133.6844-1.40425.95540.06410.4326-0.2557-0.4831-0.3861-0.67630.58741.92550.16480.67090.20590.25441.11810.08020.545825.5847-4.483846.2312
39.51963.05270.39796.0958-0.70173.35760.40330.15581.55840.72260.0020.2562-1.8323-0.7656-0.3522.16640.31670.04721.04620.08610.6663-5.674337.533264.4016
43.8618-0.8989-2.30393.8828-0.7541.94350.02180.40630.39310.0091-0.06440.0299-1.4489-0.0239-0.01421.5604-0.0434-0.13440.65470.03950.4682.300927.126959.7107
53.44430.2778-0.33332.78770.66735.3899-0.1784-0.45250.29230.18080.0397-0.4966-1.29671.54220.13191.0727-0.4145-0.10.99070.09260.472121.902421.155167.2464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 4 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 89 through 327 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 3 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 136 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 137 through 327 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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