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- PDB-6iwb: Crystal structure of a computationally designed protein (LD3) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iwb
タイトルCrystal structure of a computationally designed protein (LD3) in complex with BCL-2
要素
  • Apolipoprotein E
  • Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
キーワードAPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / melanin metabolic process / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / gland morphogenesis / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / ear development / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan binding / lipid transport involved in lipid storage / chylomicron remnant / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / metal chelating activity / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / lipoprotein particle / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / discoidal high-density lipoprotein particle / intermediate-density lipoprotein particle / chylomicron remnant clearance / renal system process / maintenance of location in cell / very-low-density lipoprotein particle remodeling / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of cell-matrix adhesion / stem cell development / Chylomicron clearance / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / NMDA glutamate receptor clustering / acylglycerol homeostasis / response to caloric restriction / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / lymphoid progenitor cell differentiation / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / negative regulation of triglyceride metabolic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / melanocyte differentiation / positive regulation of phospholipid efflux / T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / Chylomicron assembly / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of cholesterol metabolic process / regulation of amyloid fibril formation / regulation of behavioral fear response / regulation of protein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / lipoprotein catabolic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / lipid transporter activity / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / AMPA glutamate receptor clustering / cholesterol transfer activity / negative regulation of T cell apoptotic process / reverse cholesterol transport / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of nitrogen utilization / very-low-density lipoprotein particle / positive regulation by host of viral process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / oocyte development / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / positive regulation of CoA-transferase activity / protein import / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / neuron maturation / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / high-density lipoprotein particle / negative regulation of blood coagulation
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 ...Apolipoprotein / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein E / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, S. / Kwak, M.J. / Oh, B.-H. / Correia, B.E. / Gainza, P.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2020
タイトル: A computationally designed chimeric antigen receptor provides a small-molecule safety switch for T-cell therapy.
著者: Giordano-Attianese, G. / Gainza, P. / Gray-Gaillard, E. / Cribioli, E. / Shui, S. / Kim, S. / Kwak, M.J. / Vollers, S. / Corria Osorio, A.J. / Reichenbach, P. / Bonet, J. / Oh, B.H. / Irving, ...著者: Giordano-Attianese, G. / Gainza, P. / Gray-Gaillard, E. / Cribioli, E. / Shui, S. / Kim, S. / Kwak, M.J. / Vollers, S. / Corria Osorio, A.J. / Reichenbach, P. / Bonet, J. / Oh, B.H. / Irving, M. / Coukos, G. / Correia, B.E.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein E
B: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
C: Apolipoprotein E
D: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5966
ポリマ－74,4034
非ポリマー1922
水1629
1
A: Apolipoprotein E
B: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3944
ポリマ－37,2022
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13740 Å2
手法PISA
2
C: Apolipoprotein E
D: Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2022
ポリマ－37,2022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.718, 129.718, 80.291
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein E / Apo-E


分子量: 17844.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02649
#2: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2,Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19357.557 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-34,UNP residues 92-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Authors state that the L21, E22, S25, S28, I129, A130, Q132, L133 I136 G137, F140 and A154 residues ...Authors state that the L21, E22, S25, S28, I129, A130, Q132, L133 I136 G137, F140 and A154 residues are mutated regions based on the result of computational design.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% PEG2000, 0.1M Sodium Succinate (pH 5.5), 0.32M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25890 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 45.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.442.40.2246160.7240.1190.2570.47841.6
2.44-2.492.40.2338450.5010.1290.270.44156.3
2.49-2.532.70.2339830.5450.1260.2680.42165.6
2.53-2.593.10.23810940.6380.1160.2680.46671.7
2.59-2.643.50.24211370.6920.1110.2690.46676.6
2.64-2.74.10.23712060.8940.1030.2610.51379.7
2.7-2.774.80.23512380.8320.0970.2560.53682
2.77-2.854.90.22512350.8850.0890.2440.59883.2
2.85-2.936.60.2213630.9310.0770.2340.62190.4
2.93-3.027.40.21113870.9480.070.2230.67691.9
3.02-3.138.10.19713850.9710.0630.2070.76392
3.13-3.268.90.17614310.980.0540.1850.85694.5
3.26-3.41100.16114580.9970.0480.1680.95696.2
3.41-3.5811.60.13814470.990.0390.1441.18596.7
3.58-3.8113.10.12715050.9950.0330.1311.28497.9
3.81-4.113.90.11414740.9950.0290.1181.38298.5
4.1-4.52140.115140.9960.0250.1031.44998.4
4.52-5.1715.60.08515010.9970.0210.0881.24299
5.17-6.5114.80.07515150.9980.0190.0780.90898.8
6.51-5016.40.042155610.010.0440.73898.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→46.025 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.71 / 位相誤差: 31.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1202 4.99 %
Rwork0.2389 --
obs0.2408 24082 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.56 Å2 / Biso mean: 63.0333 Å2 / Biso min: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→46.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4447 0 10 9 4466
Biso mean--84.55 48.42 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7686138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2692687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.60020.3529980.28981964206270
2.6002-2.71850.35641180.28932214233279
2.7185-2.86180.39011240.28942331245583
2.8618-3.04110.31761390.28412584272392
3.0411-3.27580.35241410.29382628276994
3.2758-3.60530.32921440.24292723286796
3.6053-4.12670.29911480.23072775292398
4.1267-5.19810.22091430.20992815295899
5.1981-46.03290.20151470.20912846299399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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