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- PDB-6iv8: the selenomethionine(SeMet)-derived Cas13d binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iv8
タイトルthe selenomethionine(SeMet)-derived Cas13d binary complex
要素
  • RNA (51-MER)
  • RNA (53-MER)
  • The selenomethionine (SeMet)-labeled Cas13d
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / Cas13d / crRNA / binary complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性metal ion binding / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種uncultured Ruminococcus sp (環境試料)
uncultured Ruminococcus sp. (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhang, B. / Ye, Y.M. / Ye, W.W. / OuYang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31770948 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Two HEPN domains dictate CRISPR RNA maturation and target cleavage in Cas13d.
著者: Zhang, B. / Ye, Y. / Ye, W. / Perculija, V. / Jiang, H. / Chen, Y. / Li, Y. / Chen, J. / Lin, J. / Wang, S. / Chen, Q. / Han, Y.S. / Ouyang, S.
履歴
登録2018年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: The selenomethionine (SeMet)-labeled Cas13d
B: RNA (51-MER)
D: RNA (53-MER)
C: The selenomethionine (SeMet)-labeled Cas13d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,6916
ポリマ－250,6424
非ポリマー492
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.164, 145.733, 249.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYSAA50 - 92250 - 922
21LYSLYSLYSLYSCD50 - 92250 - 922
12CCAABB-30 - 201 - 50
22CCAADC-30 - 201 - 50

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.878919, -0.281457, 0.385076), (0.430062, -0.118493, 0.894989), (-0.206272, 0.952229, 0.22519)23.325621, -76.177223, 86.110283

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要素

#1: タンパク質 The selenomethionine (SeMet)-labeled Cas13d


分子量: 108759.344 Da / 分子数: 2 / 変異: R288A, R823A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured Ruminococcus sp (環境試料)
遺伝子: SAMEA3545300_02264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C5SD84
#2: RNA鎖 RNA (51-MER)


分子量: 16244.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured Ruminococcus sp. (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (53-MER)


分子量: 16879.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured Ruminococcus sp. (環境試料)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: (0.5% (w/v) Tryptone, 0.1 M HEPES sodium (pH 7.0), 16% (w/v) Polyethylene glycol 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→62.92 Å / Num. obs: 129626 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 6409 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.337 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→62.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.179 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 6600 5.1 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
obs0.1898 122927 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 47.617 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→62.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14076 2196 2 665 16939
Biso mean--26.35 37.16 -
残基数----1829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01416752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01814275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.60922978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1031.78333564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84551726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62322.976783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.79152681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7361586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023204
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A701016.33
2B105411.24
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 512 -
Rwork0.208 8974 -
all-9486 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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