+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iv8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | the selenomethionine(SeMet)-derived Cas13d binary complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / Cas13d / crRNA / binary complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / TerB_C domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, B. / Ye, Y.M. / Ye, W.W. / OuYang, S.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two HEPN domains dictate CRISPR RNA maturation and target cleavage in Cas13d. 著者: Zhang, B. / Ye, Y. / Ye, W. / Perculija, V. / Jiang, H. / Chen, Y. / Li, Y. / Chen, J. / Lin, J. / Wang, S. / Chen, Q. / Han, Y.S. / Ouyang, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 355.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 556.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 73.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108759.344 Da / 分子数: 2 / 変異: R288A, R823A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAMEA3545300_02264 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: RNA鎖 | | 分子量: 16244.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: RNA鎖 | | 分子量: 16879.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: (0.5% (w/v) Tryptone, 0.1 M HEPES sodium (pH 7.0), 16% (w/v) Polyethylene glycol 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→62.92 Å / Num. obs: 129626 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 6409 / CC1/2: 0.939 / Rpim(I) all: 0.337 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200 Å2 / Biso mean: 47.617 Å2 / Biso min: 11.55 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→62.92 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|