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- PDB-4nmd: Crystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nmd | ||||||
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Title | Crystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter sulfurreducens PCA reduced with dithionite | ||||||
![]() | Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / Rossmann fold / aldehyde dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide / nicotinamide adenine dinucleotide / proline catabolism / substrate channeling / bifunctional enzyme | ||||||
Function / homology | ![]() proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, H. / Tanner, J.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the PutA peripheral membrane flavoenzyme reveal a dynamic substrate-channeling tunnel and the quinone-binding site. Authors: Singh, H. / Arentson, B.W. / Becker, D.F. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 766.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 623.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 73.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 106 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4nm9C ![]() 4nmaC ![]() 4nmbC ![]() 4nmcSC ![]() 4nmeC ![]() 4nmfC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Dimer in solution state verified by SAXS. |
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Components
#1: Protein | Mass: 112324.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q746X3, EC: 1.5.99.8, EC: 1.5.1.12, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 23% PEG400, 0.1 M MES, pH 5.8, N-terminal His Tag cleaved with TEV protease prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.979→49.094 Å / Num. all: 172814 / Num. obs: 172814 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.065 / Net I/av σ(I): 11.375 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 651971 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4NMC Resolution: 1.979→49.094 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.873 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Phase error: 20.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.17 Å2 / Biso mean: 24.604 Å2 / Biso min: 8.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.979→49.094 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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