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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iux | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hydrolase protein | ||||||
要素 | [Protein ADP-ribosylarginine] hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ADPR / protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [protein ADP-ribosylarginine] hydrolase / ADP-ribosylarginine hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / potassium ion binding / protein modification process / magnesium ion binding / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.195 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X.H. / Yu, X.C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of protein 著者: Liu, X.H. / Yu, X.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iux.cif.gz | 98 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iux.ent.gz | 71 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iux.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6iux_validation.pdf.gz | 778.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6iux_full_validation.pdf.gz | 781.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6iux_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6iux_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iux | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | [ 分子量: 41972.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRH, ARH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P54922, [protein ADP-ribosylarginine] hydrolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-AR6 / [( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium chloride pH 6.3, 20% PEG-3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.195→36 Å / Num. obs: 160794 / % possible obs: 77.6 % / 冗長度: 11.5 % / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.26 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.195→26.007 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.195→26.007 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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