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- PDB-6iud: Structure of Helicobacter pylori Soj-ADP complex bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iud
タイトルStructure of Helicobacter pylori Soj-ADP complex bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
  • SpoOJ regulator (Soj)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Partition protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / SpoOJ regulator (Soj)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å
データ登録者Yen, C.Y. / Chu, C.H. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of HpSoj-DNA complexes and the nucleoid-adaptor complex formation in chromosome segregation.
著者: Chu, C.H. / Yen, C.Y. / Chen, B.W. / Lin, M.G. / Wang, L.H. / Tang, K.Z. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
履歴
登録2018年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SpoOJ regulator (Soj)
B: SpoOJ regulator (Soj)
C: SpoOJ regulator (Soj)
D: SpoOJ regulator (Soj)
E: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,98114
ポリマ－137,1756
非ポリマー1,8068
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.773, 74.690, 80.749
Angle α, β, γ (deg.)71.540, 71.590, 67.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MG / End label comp-ID: MG / Auth seq-ID: 1 - 501 / Label seq-ID: 13

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA - H
2chain BBB - J
3chain CCC - L
4chain DDD - N

-
要素

#1: タンパク質
SpoOJ regulator (Soj)


分子量: 30608.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_1139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25759
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 7256.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 7483.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: MES (pH 5.6), KCl, MgCl2, PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 49136 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5041 / CC1/2: 0.72 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IUB

6iub


解像度: 2.506→29.955 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 28.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 2441 4.97 %
Rwork0.2047 --
obs0.2073 49125 95.67 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.83 Å2 / Biso mean: 62.1351 Å2 / Biso min: 22.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.506→29.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8212 984 112 0 9308
Biso mean--41.2 --
残基数----1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0179582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.96313180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3175642
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5023X-RAY DIFFRACTION11.973TORSIONAL
12B5023X-RAY DIFFRACTION11.973TORSIONAL
13C5023X-RAY DIFFRACTION11.973TORSIONAL
14D5023X-RAY DIFFRACTION11.973TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.506-2.55710.35491390.26712626276592
2.5571-2.61270.38191480.26822847299598
2.6127-2.67340.30911520.26472829298198
2.6734-2.74030.33911440.25742772291698
2.7403-2.81430.29411510.24292811296298
2.8143-2.8970.33191520.25172810296298
2.897-2.99050.31661430.24142835297898
2.9905-3.09720.25771520.23142817296998
3.0972-3.22110.26891440.23242792293698
3.2211-3.36750.27711490.22542799294897
3.3675-3.54480.28681400.21672764290496
3.5448-3.76650.24321410.20122733287495
3.7665-4.05670.26991400.19432669280994
4.0567-4.46370.22781350.17832593272890
4.4637-5.10690.21351320.1732573270590
5.1069-6.42370.24721400.19572730287094
6.4237-29.95740.18961390.16362684282393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85880.60990.1370.68450.18410.5035-0.04590.1531-0.04740.036-0.12390.42830.2556-0.37470.00140.51790.0184-0.06080.4987-0.12850.5582-46.062765.9342-41.6035
20.5038-0.41010.34970.2001-0.06860.60920.0722-0.3981-0.3440.3154-0.21590.42170.3241-0.38860.0020.5846-0.07040.07960.5178-0.07650.6567-48.045662.276-29.6451
30.2852-0.2498-0.05450.23720.01720.0528-0.0846-0.6302-0.51730.67920.15630.50570.62460.54850.01690.7830.0798-0.01390.60330.02620.4673-36.185266.7029-18.7806
4-0.0354-0.00440.06370.15510.12230.24920.1224-0.2266-0.35190.0174-0.23150.06040.24860.1773-0.00590.51360.0175-0.00630.4280.02030.4842-31.295166.2075-28.9177
50.0346-0.01470.11590.1385-0.02670.0544-0.0146-0.0023-0.75470.40790.2284-0.59620.82420.71420.00030.57410.0221-0.09280.44660.05090.5031-22.830171.4504-22.3898
60.23490.28390.00260.34070.10570.20850.09020.257-0.4327-0.3818-0.00970.05080.27150.4639-0.00130.45020.09620.03110.48370.02840.4838-26.726172.277-38.9479
70.2510.1655-0.07470.44540.12930.19440.07260.9678-0.4077-0.4850.1431-0.4926-0.47580.33740.00630.5380.0514-0.04360.5262-0.0070.4747-29.011668.7951-45.4185
80.81070.18-0.03880.5186-0.15210.78330.0712-0.335-0.21110.482-0.34210.18790.21-0.10190.00120.563-0.03830.10610.598-0.04440.4995-44.43986.6432-12.2919
90.5394-0.5823-0.03090.9765-0.29180.6564-0.0525-0.2715-0.14630.28030.05740.36160.0841-0.4485-0.00090.49780.00660.14020.6063-0.03090.6034-51.899485.0777-17.0007
101.0257-0.4683-0.55891.2566-0.29461.32990.05240.02120.2330.0622-0.10970.1939-0.2872-0.0721-00.33290.0316-0.02150.4324-0.06340.4364-41.896595.1476-29.2011
110.15810.0853-0.05680.08370.02860.50470.21920.12530.0760.41710.08940.04320.04630.7494-0.00440.45570.0666-0.04460.5857-0.0550.473313.010598.3364-61.7381
120.6652-0.0165-0.04950.12840.19540.5411-0.0171-0.20440.36220.3713-0.1856-0.1292-0.39180.191-0.0030.5217-0.021-0.15970.4722-0.01910.624213.7036107.9845-52.2716
130.3997-0.20930.27130.80910.41210.3353-0.1830.13830.4756-0.03620.0525-0.6082-0.37260.6097-0.00090.502-0.0382-0.08770.65660.10690.702518.8582108.2773-60.9484
140.0463-0.07120.06090.22140.09050.09570.00190.54630.4666-0.2124-0.1123-0.08430.03740.01360.00040.4740.01520.04430.56960.04850.455211.336699.6921-66.4336
150.0508-0.137-0.01230.37240.03840.01120.00240.5440.4161-0.71260.0071-0.85350.55350.4860.0010.61260.04840.08060.70580.05380.51699.103397.0903-76.032
160.2119-0.32270.18420.207-0.06530.5191-0.11710.507-0.5286-0.19660.0038-0.25070.3330.2841-0.00080.44830.06650.03850.5017-0.08630.46834.04489.6241-68.9018
170.32140.10850.22310.2115-0.14460.2957-0.1653-0.2985-0.31420.30230.2992-0.01690.41530.3189-0.00080.57870.05220.02270.3901-0.03340.44980.393290.413-55.7939
180.22820.16240.08950.2041-0.05480.16330.1398-0.6676-0.40880.8490.1223-0.18870.0641-0.27730.0050.64580.09620.05980.51790.04470.47534.505991.1801-49.2057
190.63930.3740.07091.20250.13310.6878-0.190.7940.0646-0.35310.0254-0.1855-0.04460.4107-0.00040.6121-0.0393-0.01860.62190.0980.4794-6.1943112.2324-82.479
200.3935-0.4148-0.23040.2664-0.25860.46040.11610.6670.1196-0.41140.0345-0.294-0.44960.45460.00240.6352-0.02440.03540.63060.18330.6457-0.6664119.0217-81.4137
210.9006-0.1799-0.51871.0645-0.08941.737-0.07170.0360.26810.0032-0.00630.0877-0.237-0.17270.00030.4814-0.0166-0.0560.330.02170.4856-13.3489113.8101-65.9429
220.00290.00410.00560.00550.01180.0120.0386-0.49560.13140.0170.14930.0985-0.12160.0227-0.00022.1527-0.156-0.22952.6321-0.03261.0659-12.169399.9488-17.5002
230.6981-0.0075-0.64510.4483-0.34040.57760.1427-0.0408-0.1772-0.08810.232-0.1793-0.23390.5570.00080.5934-0.10730.02120.59380.01160.4591-18.67389.841-49.9155
240.01760.0211-0.00510.0185-0.00180.0092-0.23040.1095-0.57710.1460.0397-0.10840.0352-0.1978-0.00051.9252-0.6389-0.80911.53960.0331.8433-33.869279.6036-75.4465
251.79810.17-1.48351.7182-0.30280.98710.1460.3836-0.3198-0.66810.17770.09240.4973-0.9810.00630.7239-0.0813-0.0530.7495-0.00970.5109-21.894489.0655-53.0584
26-0.0010.0024-0.0014-0.00120.0076-0.00030.23480.0691-0.35370.0018-0.0786-0.3155-0.25520.0556-0.00091.3452-0.3439-0.19632.3232-0.69811.4205-3.818499.1928-19.1776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 89 )A1 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 156 )A90 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 157 through 175 )A157 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 195 )A176 - 195
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 212 )A196 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 237 )A213 - 237
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 238 through 264 )A238 - 264
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 77 )B1 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 78 through 158 )B78 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 159 through 264 )B159 - 264
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 16 )C1 - 16
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 17 through 77 )C17 - 77
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 78 through 136 )C78 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 137 through 156 )C137 - 156
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 157 through 175 )C157 - 175
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 176 through 212 )C176 - 212
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 213 through 237 )C213 - 237
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 238 through 264 )C238 - 264
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 77 )D1 - 77
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 78 through 136 )D78 - 136
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 137 through 264 )D137 - 264
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 5 )E1 - 5
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 6 through 20 )E6 - 20
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 21 through 24 )E21 - 24
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 20 )F1 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 21 through 24 )F21 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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