PDB-6itp: Crystal structure of cortisol complexed with its nanobody at pH 3.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6itp

タイトル

Crystal structure of cortisol complexed with its nanobody at pH 3.5

要素

anti-cortisol camelid antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Cortisol / Complex / Nanobody / Camelid antibody

機能・相同性

Chem-HCY

機能・相同性情報

生物種

Camelus bactrianus (フタコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.572 Å

データ登録者

Ding, Y. / Ding, L.L. / Wang, Z.Y. / Zhong, P.Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the mechanism of single domain VHH antibody binding to cortisol.
著者: Ding, L. / Wang, Z. / Zhong, P. / Jiang, H. / Zhao, Z. / Zhang, Y. / Ren, Z. / Ding, Y.

履歴

登録	2018年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6itp.cif.gz	112.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6itp.ent.gz	86.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6itp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6itp_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6itp_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6itp_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	6itp_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6itqC 3k1kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ri8-d 3lve-2 5wvw-d 3olo-1 2lve-1 1rdh-d 2qik-d 6zii-d 5bni-1 3bki-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-cortisol camelid antibody

B: anti-cortisol camelid antibody

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 1:1 binding to cortisol, isothermal titration calorimetry, 1:1 binding to cortisol

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.043, 95.043, 95.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-446- HOH
2	1	B-386- HOH

#1: 抗体	anti-cortisol camelid antibody 分子量: 13780.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL / コルチゾ-ル分子量: 362.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M Citric acid pH 3.5, 3M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 40074 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.791 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 1584876

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.57-1.63	38.3	0.65	3911	0.968	0.106	0.659	0.726	98.3
1.63-1.69	40.4	0.541	3959	0.958	0.086	0.548	0.786	100
1.69-1.77	39.5	0.429	4006	0.967	0.069	0.435	0.869	100
1.77-1.86	38.5	0.291	3964	0.983	0.047	0.295	0.961	100
1.86-1.98	41	0.204	3980	0.994	0.032	0.206	0.91	100
1.98-2.13	39.3	0.149	3994	0.997	0.024	0.151	0.848	100
2.13-2.35	39.7	0.116	3997	0.998	0.019	0.117	0.827	100
2.35-2.68	40.5	0.087	4025	0.999	0.014	0.088	0.743	100
2.68-3.38	40	0.057	4060	1	0.009	0.058	0.672	100
3.38-50	38.3	0.04	4178	1	0.006	0.041	0.571	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.98 Å	33.6 Å
Translation	3.98 Å	33.6 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K1K

3k1k

解像度: 1.572→33.603 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	1979	4.95 %
R_work	0.1947	-	-
obs	0.1961	39992	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.6 Å² / B_iso mean: 20.1569 Å² / B_iso min: 5.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.572→33.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1914	0	112	353	2379
B_iso mean	-	-	13.49	27.55	-
残基数	-	-	-	-	250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	2730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.492	1136

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5719-1.6112	0.2593	144	0.2317	2718	2862	100
1.6112-1.6547	0.2742	133	0.2302	2687	2820	100
1.6547-1.7034	0.2964	134	0.2278	2680	2814	100
1.7034-1.7584	0.2422	150	0.2179	2692	2842	100
1.7584-1.8213	0.2385	164	0.2092	2671	2835	100
1.8213-1.8942	0.2336	155	0.2058	2684	2839	100
1.8942-1.9804	0.2515	142	0.1938	2705	2847	100
1.9804-2.0848	0.2577	139	0.1921	2683	2822	100
2.0848-2.2154	0.222	150	0.184	2723	2873	100
2.2154-2.3864	0.2138	155	0.1921	2680	2835	100
2.3864-2.6264	0.2335	118	0.196	2750	2868	100
2.6264-3.0063	0.2191	122	0.1961	2758	2880	100
3.0063-3.7868	0.2123	148	0.1813	2746	2894	100
3.7868-33.6104	0.1704	125	0.1849	2836	2961	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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