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- PDB-2qik: Crystal structure of YkqA from Bacillus subtilis. Northeast Struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qik
タイトルCrystal structure of YkqA from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Target SR631
要素UPF0131 protein ykqA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / YKQA / NESG / SR631 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylaminecyclotransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
AIG2-like family / Gamma-glutamylaminecyclotransferase / Gamma-glutamylcyclotransferase, AIG2-like domain / Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Putative gamma-glutamylcyclotransferase YkqA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Benach, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Baran, M.C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Chen, C.X. / Rong, X. ...Benach, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Baran, M.C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Chen, C.X. / Rong, X. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YkqA from Bacillus subtilis.
著者: Benach, J. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Seetharaman, J. / Baran, M.C. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owens, L. / Chen, C.X. / Rong, X. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2007年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0131 protein ykqA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2482
ポリマ－33,0551
非ポリマー1921
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.577, 62.131, 55.527
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The AU contains the biological assembly

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要素

#1: タンパク質 UPF0131 protein ykqA


分子量: 33055.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ykqA, ylxU, yzaB, BSU14500 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: P39759
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9125 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 Na Citrate, 60% PEG 400, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 18.8 / 数: 414093 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.13 / D res high: 1.35 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 109890 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.915090.110.0281.0383.6
2.312.9110010.0331.1383.9
2.022.3110010.0381.1483.9
1.832.0210010.0451.1263.8
1.71.8310010.0571.1083.8
1.61.710010.0731.1933.8
1.521.610010.0881.1423.8
1.451.5299.910.1141.1563.7
1.41.4599.810.1431.1043.7
1.351.499.710.1791.0953.6
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 55141 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.126 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.35-1.43.60.179110831.09599.7
1.4-1.453.70.143110521.10499.8
1.45-1.523.70.114111261.15699.9
1.52-1.63.80.088111471.142100
1.6-1.73.80.073110701.193100
1.7-1.833.80.057111021.108100
1.83-2.023.80.045110861.126100
2.02-2.313.90.038111151.148100
2.31-2.913.90.033110901.138100
2.91-503.60.028100191.03890.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.91 / FOM acentric: 0.91 / FOM centric: 0.83 / 反射: 23209 / Reflection acentric: 22314 / Reflection centric: 895
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.1-24.9070.960.960.9486177883
3.2-5.10.980.980.9729262765161
2.6-3.20.950.950.8939873820167
2.3-2.60.930.930.8239873841146
1.9-2.30.890.90.7770856867218
1.8-1.90.820.830.5943634243120

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→19.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.436 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2801 5.1 %RANDOM
Rwork0.131 ---
obs0.133 55139 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.17 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 0 13 446 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0561.953116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97334776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3765286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39923.596114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15815406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.22070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.320.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.041.51602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9681.5562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.50622196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.17331062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4054.5910
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.51535071
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.7235446
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.75754284
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 223 -
Rwork0.099 3795 -
obs-4018 96.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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