PDB-6irv: Crystal structure of the human cap-specific adenosine methyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6irv

タイトル

Crystal structure of the human cap-specific adenosine methyltransferase

要素

Phosphorylated CTD-interacting factor 1

キーワード

TRANSFERASE / RNA METHYLATION / METHYLTRANSFERASE / M6A / N6-METHYLADENOSINE

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / : / S-adenosyl-L-methionine binding / intercellular bridge / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / microtubule cytoskeleton / negative regulation of translation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cap-specific terminal N 6 -methylation of RNA by an RNA polymerase II-associated methyltransferase.
著者: Akichika, S. / Hirano, S. / Shichino, Y. / Suzuki, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Sugita, A. / Hirose, Y. / Iwasaki, S. / Nureki, O. / Suzuki, T.

履歴

登録	2018年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6irv.cif.gz	410.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6irv.ent.gz	338.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6irv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6irv_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6irv_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	6irv_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	6irv_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6irwC 6irxSC 6iryC 6irzC 6is0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ayy-d 5y2t-1 3cb4-2 6cwp-d 1v7v-d 4w91-4 1jf9-1 2q5t-d 3n5h-1 5cg5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

B: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphorylated CTD-interacting factor 1

登録者が定義した集合体
59.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.699, 120.309, 156.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphorylated CTD-interacting factor 1 分子量: 59393.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCIF1, C20orf67 / プラスミド: pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9H4Z3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 % / Mosaicity: 0.04 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 3350, 0.4M sodium nitrate, 0.1M bis-Tris propane

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→48.125 Å / Num. obs: 37583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 52.99 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.82	6.6	0.751	4535	0.9	0.316	0.816	100
9.35-48.12	5.8	0.04	1018	0.998	0.018	0.044	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IRX

6irx

解像度: 2.7→48.125 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	1876	5.01 %
R_work	0.2143	-	-
obs	0.2162	37449	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.43 Å² / B_iso mean: 62.1116 Å² / B_iso min: 23.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→48.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8017	0	0	64	8081
B_iso mean	-	-	-	43.52	-
残基数	-	-	-	-	988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.773	0.378	141	0.3192	2673	2814	100
2.773-2.8546	0.3388	144	0.2891	2717	2861	100
2.8546-2.9467	0.3491	147	0.2742	2692	2839	100
2.9467-3.052	0.264	130	0.2554	2712	2842	100
3.052-3.1742	0.3598	144	0.2551	2707	2851	100
3.1742-3.3186	0.2992	149	0.2537	2681	2830	100
3.3186-3.4936	0.2591	123	0.2212	2739	2862	100
3.4936-3.7124	0.2417	161	0.2013	2719	2880	100
3.7124-3.9989	0.244	169	0.1967	2711	2880	100
3.9989-4.401	0.2074	152	0.1881	2736	2888	100
4.401-5.0373	0.2012	126	0.1691	2784	2910	100
5.0373-6.3442	0.2359	149	0.2077	2788	2937	100
6.3442-48.1323	0.2282	141	0.2025	2914	3055	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9034	0.3665	-0.417	2.102	-0.5967	1.5032	0.1097	0.0691	-0.0292	0.1421	-0.0708	-0.0037	0.0755	-0.2408	-0.083	0.3252	0.0206	-0.0509	0.322	-0.0976	0.2393	-38.5342	-1.5242	-43.5379
2	1.2923	0.7048	-0.5525	2.0855	0.3311	2.0103	0.0164	-0.4401	0.0104	0.2678	0.2193	-0.0138	-0.2438	-0.0405	-0.118	0.5339	0.0177	-0.088	0.5274	0.0159	0.4263	-24.4848	1.269	-18.1712
3	2.2811	-0.7348	-1.2124	5.5026	2.0946	5.1476	0.141	0.2455	0.2608	0.4232	0.3647	-0.227	-0.7316	-0.0145	-0.6473	0.8529	-0.0067	0.0085	0.6933	-0.0733	0.523	-23.8166	22.1616	-1.4093
4	2.0182	-0.0316	-0.8379	1.4032	1.327	2.4256	-0.045	0.6764	0.8302	0.0486	0.7058	-1.7325	-0.8603	0.3249	-0.6267	1.2284	-0.3116	0.369	0.6666	-0.3245	1.1365	-19.7389	29.4723	-1.7311
5	1.0466	-0.2536	-0.6821	0.949	0.2275	1.7741	0.0254	-0.1101	-0.3045	0.3472	0.1233	-0.0379	0.3426	0.1739	-0.2869	0.4653	0.0415	-0.1167	0.2797	-0.0196	0.5605	-23.0752	-11.8726	-30.6425
6	2.2105	0.5282	-0.257	1.9503	-0.6357	1.4335	0.0436	-0.0189	0.0479	0.172	0.084	0.0051	-0.1336	-0.2786	-0.1063	0.3115	0.0612	-0.0301	0.3549	-0.0757	0.2936	-33.8048	2.5504	-38.1858
7	2.3202	-0.5572	0.1366	0.6961	0.5114	2.3322	0.1354	-0.1337	0.323	0.0723	-0.047	-0.1259	-0.2337	-0.2076	-0.1519	0.4705	0.0659	0.0271	0.3072	-0.0506	0.508	-34.9545	18.8551	-42.2947
8	1.1878	-0.9394	-0.7856	1.3243	0.1625	0.8078	-0.0028	-0.0148	0.0979	-0.0013	0.0632	-0.0057	0.2237	0.2393	-0.0635	0.304	-0.0067	-0.0452	0.5116	0.1008	0.3295	-32.1271	-1.7556	20.7707
9	1.116	-1.1743	-0.1108	1.296	-0.4537	1.9428	0.0599	0.3299	-0.1355	-0.2821	-0.1083	0.0341	-0.1316	-0.1167	-0.0512	0.5487	-0.0342	-0.0839	0.7031	-0.0748	0.4181	-46.1854	1.1308	-4.6837
10	2.4479	0.5704	-1.351	3.936	-1.9026	3.0278	-0.141	-0.7553	-0.5142	-0.0322	-0.3065	-0.4841	-0.6049	-0.2877	0.1782	0.6528	0.2235	-0.0628	0.6659	-0.1245	0.2868	-44.6484	22.988	-21.3066
11	0.8083	-0.6159	0.1458	0.8458	-1.3658	3.4753	0.145	0.1148	-0.0688	-0.4225	0.2676	0.2824	-0.2786	-0.8873	-0.2691	0.6442	0.1906	-0.0428	0.7387	-0.1051	0.4839	-51.5402	12.8059	-14.1856
12	0.9184	-1.8012	-1.5132	3.8159	3.0877	4.8317	-0.1499	-0.1077	-0.3023	0.2052	0.0705	-0.1923	0.5118	0.01	0.0481	0.3982	0.0115	-0.0678	0.3426	0.061	0.547	-45.2571	-14.8708	21.0112
13	3.774	0.658	1.1099	2.3451	-0.0247	1.9295	0.034	0.2784	-0.6209	-0.2201	0.0615	-0.2747	0.3226	0.3478	-0.0564	0.3704	0.0618	-0.0106	0.3411	-0.0002	0.3915	-26.651	-9.3159	11.3558
14	0.4653	-0.1363	-0.5041	2.5328	0.2482	1.2459	0.0135	-0.0341	-0.1556	-0.2171	-0.089	0.0612	-0.002	-0.0427	0.062	0.3226	0.02	-0.073	0.4071	0.0438	0.3673	-40.9928	6.1556	18.1563
15	2.7679	0.0143	-0.1032	3.0444	0.4862	0.0765	0.0009	0.3551	0.5182	-0.4737	-0.0048	0.1852	-0.1749	-0.0034	-0.0339	0.4178	-0.0178	-0.0477	0.4405	0.0459	0.3937	-47.5043	17.0232	16.2963
16	2.9425	0.3143	-0.4519	1.8118	-0.5784	2.38	0.2318	0.2347	0.3324	-0.0856	-0.0705	-0.0608	-0.1905	0.1712	-0.0876	0.3518	0.0282	-0.0375	0.2929	0.0274	0.3508	-36.2461	18.8581	19.54

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 165 through 198 )	A	165 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 270 )	A	199 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 271 through 307 )	A	271 - 307
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 308 through 353 )	A	308 - 353
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 354 through 418 )	A	354 - 418
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 419 through 601 )	A	419 - 601
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 602 through 668 )	A	602 - 668
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 165 through 198 )	B	165 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 199 through 270 )	B	199 - 270
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 271 through 301 )	B	271 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 302 through 386 )	B	302 - 386
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 387 through 418 )	B	387 - 418
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 419 through 477 )	B	419 - 477
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 478 through 573 )	B	478 - 573
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 574 through 600 )	B	574 - 600
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 601 through 668 )	B	601 - 668

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