[日本語] English
万見
- PDB-6irr: Solution structure of DISC1/ATF4 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6irr
タイトルSolution structure of DISC1/ATF4 complex
要素Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Scaffold protein / Psychiatric disorder / coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


L-asparagine metabolic process / ATF1-ATF4 transcription factor complex / CHOP-ATF4 complex / Lewy body core / pyramidal neuron migration to cerebral cortex / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / leucine zipper domain binding / integrated stress response signaling ...L-asparagine metabolic process / ATF1-ATF4 transcription factor complex / CHOP-ATF4 complex / Lewy body core / pyramidal neuron migration to cerebral cortex / ATF4-CREB1 transcription factor complex / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / positive regulation of biomineral tissue development / leucine zipper domain binding / integrated stress response signaling / cAMP response element binding protein binding / HRI-mediated signaling / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / cell proliferation in forebrain / central region of growth cone / mitochondrial calcium ion homeostasis / PERK-mediated unfolded protein response / cerebral cortex radially oriented cell migration / regulation of dendritic spine development / lens fiber cell morphogenesis / cellular response to leucine starvation / regulation of synapse maturation / intermediate filament cytoskeleton / non-motile cilium assembly / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / dynein complex / protein localization to centrosome / regulation of postsynapse organization / kinesin complex / embryonic hemopoiesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of neuroblast proliferation / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / ciliary base / regulation of neuron projection development / bone mineralization / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / TOR signaling / negative regulation of potassium ion transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / general transcription initiation factor binding / response to electrical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / kinesin binding / positive regulation of Wnt signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of axon extension / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to glucose starvation / dendrite membrane / nuclear periphery / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / gluconeogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron cellular homeostasis / GABA-ergic synapse / regulation of synaptic plasticity / response to toxic substance / microtubule cytoskeleton organization / RNA polymerase II transcription regulator complex / neuron migration / neuron differentiation / intracellular calcium ion homeostasis / synaptic vesicle / intracellular protein localization / positive regulation of neuron apoptotic process / cell body / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription regulator complex / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / postsynaptic density / nuclear speck / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Disrupted in schizophrenia 1 / bZIP transcription factor / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4 / Disrupted in schizophrenia 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ye, F. / Yu, C. / Zhang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
16104518 香港
引用ジャーナル: Mol. Psychiatry / 年: 2019
タイトル: Structural interaction between DISC1 and ATF4 underlying transcriptional and synaptic dysregulation in an iPSC model of mental disorders.
著者: Wang, X. / Ye, F. / Wen, Z. / Guo, Z. / Yu, C. / Huang, W.K. / Rojas Ringeling, F. / Su, Y. / Zheng, W. / Zhou, G. / Christian, K.M. / Song, H. / Zhang, M. / Ming, G.L.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5651
ポリマ－14,5651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12790 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 43structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-4 / cAMP-dependent transcription factor ATF-4 / Activating transcription factor 4 / C/EBP-related ATF / ...cAMP-dependent transcription factor ATF-4 / Activating transcription factor 4 / C/EBP-related ATF / C/ATF / Tax-responsive enhancer element-binding protein 67 homolog / TaxREB67 homolog


分子量: 14565.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Disc1, Atf4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q811T9, UniProt: Q06507
配列の詳細Sequence of the protein was based on Isoform 2 of database UNP Q811T9 (DISC1_MOUSE).

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY
133isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HN(CA)CB

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 100% D2O15N, 13C100% D2O
solution20.8 mM [U-99% 15N] DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution30.8 mM DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 100% D2Ounlabeled100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDISC1/ATF4 complex[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMDTTnatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
100 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.8 mMDISC1/ATF4 complex[U-99% 15N]2
1 mMDTTnatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
100 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.8 mMDISC1/ATF4 complexnatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
1 mMEDTAnatural abundance3
100 mMpotassium phosphatenatural abundance3
試料状態イオン強度: 100mM potassium phosphate Not defined / Label: conditions1 / pH: 6.5 / 圧: ambient Pa / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CNSBrunger A. T. et.al.structure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
PIPPGarrettpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 43 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る