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万見
- PDB-6ipc: Non-native human ferritin 8-mer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ipc
タイトルNon-native human ferritin 8-mer
要素(Ferritin heavy chain) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin / 8-mer / inner disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.443 Å
データ登録者Zang, J.C. / Chen, H. / Zhao, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaBX201700284 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Disulfide-mediated conversion of 8-mer bowl-like protein architecture into three different nanocages.
著者: Zang, J. / Chen, H. / Zhang, X. / Zhang, C. / Guo, J. / Du, M. / Zhao, G.
履歴
登録2018年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,02118
ポリマ－325,78516
非ポリマー2362
水30617
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,0109
ポリマ－162,8928
非ポリマー1181
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21060 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area54690 Å2
手法PISA
2
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,0109
ポリマ－162,8928
非ポリマー1181
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21420 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area54170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.304, 139.223, 139.114
Angle α, β, γ (deg.)90.10, 90.28, 90.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 20357.529 Da / 分子数: 14 / 変異: C90A, C102A, C130A, 140~145 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質 Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 20389.594 Da / 分子数: 2 / 変異: C90A, C102A, 140~145 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5; 10% PEG 6000; 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.44→49.247 Å / Num. obs: 21483 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 1 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 4.443→4.602 Å / Rmerge(I) obs: 0.1971 / Num. unique obs: 495 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FHA

2fha


解像度: 4.443→49.247 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 883 4.17 %
Rwork0.2066 --
obs0.2098 21165 87.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.443→49.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20122 0 16 17 20155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00520568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78927726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.76212374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392898
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4434-4.72160.43461100.2562961X-RAY DIFFRACTION76
4.7216-5.08590.25112040.2353375X-RAY DIFFRACTION90
5.0859-5.5970.32151610.22873184X-RAY DIFFRACTION83
5.597-6.40540.38471290.23953795X-RAY DIFFRACTION97
6.4054-8.06440.30061160.21023669X-RAY DIFFRACTION95
8.0644-49.25020.21431630.16263298X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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