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- PDB-6in9: Crystal structure of MucB in complex with MucA(peri) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6in9
タイトルCrystal structure of MucB in complex with MucA(peri)
要素
  • Sigma factor AlgU negative regulatory protein
  • Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


antisigma factor binding / alginic acid biosynthetic process / sigma factor antagonist activity / regulation of polysaccharide biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / : / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain ...Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / : / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / MucB/RseB N-terminal domain / MucB/RseB C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma factor AlgU negative regulatory protein / Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570128 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the recognition of MucA by MucB and AlgU in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Li, S. / Lou, X. / Xu, Y. / Teng, X. / Liu, R. / Zhang, Q. / Wu, W. / Wang, Y. / Bartlam, M.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
B: Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
C: Sigma factor AlgU negative regulatory protein
D: Sigma factor AlgU negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3064
ポリマ－84,3064
非ポリマー00
水7,584421
1
A: Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
D: Sigma factor AlgU negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1532
ポリマ－42,1532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
2
B: Sigma factor AlgU regulatory protein MucB
C: Sigma factor AlgU negative regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1532
ポリマ－42,1532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.149, 50.268, 100.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sigma factor AlgU regulatory protein MucB / MucB


分子量: 32440.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: mucB, algN, PA0764 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38108
#2: タンパク質 Sigma factor AlgU negative regulatory protein / MucA


分子量: 9712.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: mucA, PA0763 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38107
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% w/v polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 61207 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3024 / Rpim(I) all: 0.262

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P4B

2p4b


解像度: 1.801→44.396 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 3039 4.97 %
Rwork0.1879 --
obs0.1893 61170 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→44.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4884 0 0 421 5305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0926776
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1922999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006897
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8013-1.82940.30081130.25192552X-RAY DIFFRACTION97
1.8294-1.85940.28711000.24232678X-RAY DIFFRACTION100
1.8594-1.89150.27841610.22492600X-RAY DIFFRACTION99
1.8915-1.92590.22921280.20532608X-RAY DIFFRACTION100
1.9259-1.96290.2551460.19662616X-RAY DIFFRACTION100
1.9629-2.0030.22591460.19552652X-RAY DIFFRACTION100
2.003-2.04660.23311370.19322578X-RAY DIFFRACTION100
2.0466-2.09420.22291420.18912620X-RAY DIFFRACTION99
2.0942-2.14650.23841200.18722664X-RAY DIFFRACTION100
2.1465-2.20460.19931230.1872658X-RAY DIFFRACTION100
2.2046-2.26940.21981390.18112643X-RAY DIFFRACTION100
2.2694-2.34270.21771320.18932619X-RAY DIFFRACTION100
2.3427-2.42640.23791530.19552626X-RAY DIFFRACTION100
2.4264-2.52350.26311420.19412635X-RAY DIFFRACTION100
2.5235-2.63840.26441510.2022642X-RAY DIFFRACTION100
2.6384-2.77750.22381510.20072640X-RAY DIFFRACTION100
2.7775-2.95140.21521510.19612652X-RAY DIFFRACTION100
2.9514-3.17930.22111300.19162677X-RAY DIFFRACTION100
3.1793-3.49910.19311290.17662678X-RAY DIFFRACTION100
3.4991-4.00510.19171590.17092640X-RAY DIFFRACTION100
4.0051-5.04490.16251480.15562702X-RAY DIFFRACTION100
5.0449-44.40930.23791380.20512751X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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