PDB-6ikg: Crystal structure of substrate-bound S9 peptidase (S514A mutant) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ikg

タイトル

Crystal structure of substrate-bound S9 peptidase (S514A mutant) from Deinococcus radiodurans

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative
MET-ALA-ALA

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Yadav, P. / Kumar, A. / Goyal, V.D. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2018年10月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ikg.cif.gz	960 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ikg.ent.gz	801.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ikg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ikg_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ikg_full_validation.pdf.gz	501.5 KB	表示
XML形式データ	6ikg_validation.xml.gz	90 KB	表示
CIF形式データ	6ikg_validation.cif.gz	126.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/6ikg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzmC 5yznC 5yzoSC 6igpC 6igqC 6igrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yzo-d 5yzn-d 9501 20786 4yu2-d 6p63-d 6k8k-d 4mq2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

E: MET-ALA-ALA

F: MET-ALA-ALA

ヘテロ分子

292 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.649, 214.636, 92.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative 分子量: 72712.797 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-655 / 変異: S514A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_0165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: タンパク質・ペプチド	MET-ALA-ALA 分子量: 291.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.4 / 詳細: 40mM potassium phosphate 30 PEG8000, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月3日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.98 Å / Num. obs: 119554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.065 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.969 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5872 / CC_1/2: 0.655 / R_pim(I) all: 0.504 / R_rim(I) all: 1.094 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YZO

5yzo

解像度: 2.3→46.978 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2341	5981	5.01 %	Random selection
R_work	0.2074	-	-	-
obs	0.2088	119478	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19790	0	24	758	20572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	20412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.645	27889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.939	11764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.308	210	0.2971	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3261-2.3535	0.3226	207	0.2847	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.3277	214	0.2813	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.3014	186	0.2662	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.2822	189	0.2613	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.28	189	0.2475	3845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.3021	171	0.2536	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2949	180	0.2563	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.2945	198	0.2492	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.3217	211	0.2571	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.253	168	0.2505	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.2784	217	0.2351	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7793	0.2466	194	0.2335	3824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.2634	173	0.2325	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8977	0.2679	208	0.2342	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-2.9651	0.269	187	0.2295	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0392	0.2455	187	0.2204	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0392-3.1214	0.2544	208	0.2155	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2132	0.2362	209	0.216	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.3169	0.2248	219	0.2095	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4354	0.2324	210	0.2028	3794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4354-3.5729	0.2171	192	0.2056	3815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5729-3.7355	0.201	183	0.194	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7355-3.9323	0.2261	207	0.1859	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9323-4.1786	0.2016	216	0.1731	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1786-4.501	0.1599	186	0.1584	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.501-4.9535	0.1896	242	0.1623	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9535-5.6692	0.2159	196	0.173	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6692-7.1386	0.2145	206	0.1948	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1386-46.9874	0.2111	218	0.1744	3750	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 50.9239 Å / Origin y: 44.2586 Å / Origin z: 120.163 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0971 Å²	-0.0089 Å²	0.0154 Å²	-	0.1278 Å²	-0.0023 Å²	-	-	0.1117 Å²
L	0.0292 °²	0.0118 °²	0.0084 °²	-	0.2263 °²	0.0354 °²	-	-	0.0159 °²
S	-0.0045 Å °	0.0029 Å °	0.0206 Å °	0.0051 Å °	-0.0104 Å °	0.0629 Å °	-0.0236 Å °	0.0137 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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