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- PDB-5yzo: Crystal structure of S9 peptidase mutant (S514A) from Deinococcus... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yzo | ||||||
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Title | Crystal structure of S9 peptidase mutant (S514A) from Deinococcus radiodurans R1 | ||||||
![]() | Acyl-peptide hydrolase, putative | ||||||
![]() | HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family | ||||||
Function / homology | WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yadav, P. / Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Ghosh, B. / Makde, R.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms. Authors: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 908.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 497.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 118.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 182.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5yzmC ![]() 5yznSC ![]() 6igpC ![]() 6igqC ![]() 6igrC ![]() 6ikgC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 72712.797 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S514A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_0165 / Plasmid: pST50Tr / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-DMS / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.98 % / Description: parallelepiped, size 200-300 microns |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch / pH: 5.3 Details: 40mM potassium phosphate, 20% PEG 8000, 20% glycerol PH range: 4.5-5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 13, 2016 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→47.9 Å / Num. obs: 356745 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 17647 / CC1/2: 0.738 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 1.004 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5YZN Resolution: 1.7→37.798 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→37.798 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -1.1189 Å / Origin y: -46.8818 Å / Origin z: -32.1251 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |