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- PDB-6igr: Crystal structure of S9 peptidase (S514A mutant in inactive state... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6igr | ||||||
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Title | Crystal structure of S9 peptidase (S514A mutant in inactive state) from Deinococcus radiodurans R1 | ||||||
![]() | Acyl-peptide hydrolase, putative | ||||||
![]() | HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family | ||||||
Function / homology | WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yadav, P. / Gaur, N.K. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms. Authors: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 890.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 738.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 81.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 111.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5yzmSC ![]() 5yznC ![]() 5yzoC ![]() 6igpC ![]() 6igqC ![]() 6ikgC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 72712.797 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S514A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: R1 / Gene: DR_0165 / Plasmid: pST50Tr / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.86 % / Description: cuboid crystals (100-200 micron) |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: microbatch / pH: 5.28 Details: 40mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol PH range: 5.0-5.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 8, 2018 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→47.3 Å / Num. obs: 100840 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4992 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.454 / Rrim(I) all: 0.845 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5YZM Resolution: 2.6→39.756 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→39.756 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -20.3015 Å / Origin y: 46.061 Å / Origin z: -24.8579 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |