[日本語] English
万見
- PDB-6iip: Apo-form structure of the HRP3 PWWP domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iip
タイトルApo-form structure of the HRP3 PWWP domain
要素Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / growth factor / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / tubulin binding / growth factor activity / neuron projection development / microtubule binding / chromatin remodeling / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.951 Å
データ登録者Wang, Z. / Tian, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570729 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Apo-form structure of the HRP3 PWWP domain
著者: Wang, Z. / Tian, W.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0969
ポリマ－20,2252
非ポリマー8717
水5,296294
1
A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5965
ポリマ－10,1121
非ポリマー4834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
2
B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5004
ポリマ－10,1121
非ポリマー3873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.478, 39.931, 97.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / HRP-3 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2


分子量: 10112.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFL3, HDGF2, HDGFRP3, CGI-142 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3E1
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, and 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.91531 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→50 Å / Num. obs: 93005 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 52.6
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 4036 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EAE

3eae


解像度: 0.951→30.876 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 4627 4.98 %
Rwork0.1965 --
obs0.1969 92913 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.951→30.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1432 0 49 294 1775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1622068
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.408576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9507-0.96150.37531360.37362723X-RAY DIFFRACTION91
0.9615-0.97280.34181810.34432778X-RAY DIFFRACTION94
0.9728-0.98470.30721320.30212857X-RAY DIFFRACTION96
0.9847-0.99720.31081240.28472824X-RAY DIFFRACTION94
0.9972-1.01030.25261560.2582846X-RAY DIFFRACTION96
1.0103-1.02410.22551230.22282868X-RAY DIFFRACTION95
1.0241-1.03870.22081620.20312856X-RAY DIFFRACTION97
1.0387-1.05430.1941350.20042874X-RAY DIFFRACTION96
1.0543-1.07070.21391370.1972914X-RAY DIFFRACTION97
1.0707-1.08830.2151410.20162904X-RAY DIFFRACTION97
1.0883-1.1070.21081650.19192879X-RAY DIFFRACTION97
1.107-1.12720.19951600.18842901X-RAY DIFFRACTION98
1.1272-1.14890.18921880.18162875X-RAY DIFFRACTION98
1.1489-1.17230.18361570.18512906X-RAY DIFFRACTION97
1.1723-1.19780.16241480.18532963X-RAY DIFFRACTION98
1.1978-1.22570.20051490.18442928X-RAY DIFFRACTION99
1.2257-1.25630.19051720.18632971X-RAY DIFFRACTION99
1.2563-1.29030.22471420.1893004X-RAY DIFFRACTION99
1.2903-1.32830.19191430.18183002X-RAY DIFFRACTION100
1.3283-1.37110.17081360.18542999X-RAY DIFFRACTION99
1.3711-1.42010.18131560.18142951X-RAY DIFFRACTION98
1.4201-1.4770.21091620.18613003X-RAY DIFFRACTION100
1.477-1.54420.19611740.18562991X-RAY DIFFRACTION100
1.5442-1.62560.20541670.19062992X-RAY DIFFRACTION100
1.6256-1.72750.18791550.19743033X-RAY DIFFRACTION100
1.7275-1.86080.2151590.19113013X-RAY DIFFRACTION99
1.8608-2.04810.18461660.19333027X-RAY DIFFRACTION99
2.0481-2.34430.20691620.19443079X-RAY DIFFRACTION100
2.3443-2.95320.23281630.213101X-RAY DIFFRACTION100
2.9532-30.89270.19421760.1863224X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る