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- PDB-6ii7: Crystal structure of Plasmodium falciparum adenosine deaminase C2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii7
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum adenosine deaminase C27Q+L227I mutant co-complexed with Zn ion, hypoxanthine and inosine
要素Adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine salvage / Ribavirin ADME / S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / adenosine deaminase / hypoxanthine salvage ...Purine salvage / Ribavirin ADME / S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / adenosine deaminase / hypoxanthine salvage / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / purine ribonucleoside salvage / external side of plasma membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / Adenosine deaminase / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / INOSINE / Adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
Model detailsCrystal structure of Plasmodium falciparum adenosine deaminase co-complexed with Zn ion, ...Crystal structure of Plasmodium falciparum adenosine deaminase co-complexed with Zn ion, hypoxanthine and inosine
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Synchrotron Light Research Institute2-2524/LS01 タイ
引用ジャーナル: Arch. Biochem. Biophys. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum adenosine deaminase reveals a novel binding pocket for inosine.
著者: Jaruwat, A. / Riangrungroj, P. / Ubonprasert, S. / Sae-Ueng, U. / Kuaprasert, B. / Yuthavong, Y. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0845
ポリマ－42,5491
非ポリマー5354
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.605, 62.553, 126.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Adenosine deaminase


分子量: 42548.844 Da / 分子数: 1 / 変異: C27Q,L227I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1029600 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IJA9, adenosine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#3: 化合物 ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % / Mosaicity: 0.697 °
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M MMT buffer pH 5.0, 25% PEG w/v 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月19日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 14322 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.48-2.572.50.17313991.067199.4
2.57-2.6730.15513881.049199.9
2.67-2.793.50.1313971.1021100
2.79-2.944.10.10814161.078199.9
2.94-3.124.80.08214211.0951100
3.12-3.375.40.06714021.1311100
3.37-3.76.20.05314441.1251100
3.7-4.246.20.04314351.141100
4.24-5.346.10.04114750.991100
5.34-505.70.04615451.155198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PGF

2pgf


解像度: 2.48→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 7.941 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.661 / ESU R Free: 0.286
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 716 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.1762 13546 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 56.35 Å2 / Biso mean: 19.314 Å2 / Biso min: 3.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å2-0 Å20 Å2
2--0.92 Å2-0 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 31 132 3053
Biso mean--29.33 20.77 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.9774029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98536605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1265354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11925.07142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.08115553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6431510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02662
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 57 -
Rwork0.163 964 -
all-1021 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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