[日本語] English
万見
- PDB-6ihc: Crystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ihc
タイトルCrystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase(FabZ) Y100A mutant in complex with holo-ACP from Helicobacter pylori
要素
  • 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
  • holo-form acyl carrier protein (holo-ACP)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Dehydrotase / fatty acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding ...: / : / : / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site ...Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-PN7 / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / Acyl carrier protein / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shen, S.Q. / Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21722802 中国
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2019
タイトル: A back-door Phenylalanine coordinates the stepwise hexameric loading of acyl carrier protein by the fatty acid biosynthesis enzyme beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ).
著者: Shen, S.Q. / Hang, X.D. / Zhuang, J.J. / Zhang, L. / Bi, H.K. / Zhang, L.
履歴
登録2018年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
C: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
D: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
E: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
F: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
G: holo-form acyl carrier protein (holo-ACP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,24311
ポリマ－111,3087
非ポリマー9354
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17510 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area36370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)272.528, 76.900, 72.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / ...(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydrase / Beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase


分子量: 17372.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fabZ, AOD77_0202395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1Q4MZN5, UniProt: Q5G940*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質 holo-form acyl carrier protein (holo-ACP)


分子量: 7074.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6JLE2
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PN7 / N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.05M tri-Sodium citrate dehydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 185 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE DIP100S / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 56174 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→45.644 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 2847 5.07 %
Rwork0.1754 --
obs0.1774 56174 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7739 0 60 303 8102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97510802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9464751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.44140.2651010.21711970X-RAY DIFFRACTION72
2.4414-2.48580.33351010.21912275X-RAY DIFFRACTION81
2.4858-2.53360.2621150.22132399X-RAY DIFFRACTION87
2.5336-2.58540.29431220.22332555X-RAY DIFFRACTION92
2.5854-2.64160.25271590.20642608X-RAY DIFFRACTION95
2.6416-2.7030.26081490.20372726X-RAY DIFFRACTION98
2.703-2.77060.2361320.19962720X-RAY DIFFRACTION99
2.7706-2.84550.23231470.1942808X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-2.92920.22951560.19012744X-RAY DIFFRACTION100
2.9292-3.02370.24461430.19982767X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.13180.2341330.19512774X-RAY DIFFRACTION100
3.1318-3.25720.24411510.19532737X-RAY DIFFRACTION100
3.2572-3.40530.22491550.18672774X-RAY DIFFRACTION100
3.4053-3.58480.19741460.17622772X-RAY DIFFRACTION100
3.5848-3.80930.20791470.15852784X-RAY DIFFRACTION100
3.8093-4.10330.19031560.1512764X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-4.51590.16961630.13482774X-RAY DIFFRACTION100
4.5159-5.16850.1751710.14332765X-RAY DIFFRACTION100
5.1685-6.50880.19621440.1742798X-RAY DIFFRACTION99
6.5088-45.65180.22251560.18032813X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る