[日本語] English
万見
- PDB-6ig8: Crystal structure of CSF-1R kinase domain with a small molecular ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ig8
タイトルCrystal structure of CSF-1R kinase domain with a small molecular inhibitor, JTE-952
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CSF-1-R / FMS PROTO-ONCOGENE / C-FMS / CD115 antigen / Kinase / ATP-binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cell-cell junction maintenance / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / host-mediated activation of viral process ...forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cell-cell junction maintenance / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / host-mediated activation of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / Other interleukin signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell motility / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / growth factor binding / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / hemopoiesis / monocyte differentiation / regulation of MAPK cascade / Transcriptional Regulation by VENTX / macrophage differentiation / positive regulation of chemokine production / axon guidance / osteoclast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / placental growth factor receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / stem cell factor receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / cell migration / regulation of cell shape / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A7O / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Doi, S. / Adachi, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a novel azetidine scaffold for colony stimulating factor-1 receptor (CSF-1R) Type II inhibitors by the use of docking models.
著者: Ikegashira, K. / Ikenogami, T. / Yamasaki, T. / Hase, Y. / Yamaguchi, T. / Inagaki, K. / Doi, S. / Adachi, T. / Koga, Y. / Hashimoto, H.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9405
ポリマ－36,2811
非ポリマー6594
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.520, 62.520, 185.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1427-

HOH

21A-1470-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 36280.562 Da / 分子数: 1 / 変異: S688A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-A7O / (3-{4-[(4-cyclopropylphenyl)methoxy]-3-methoxyphenyl}azetidin-1-yl)(4-{[(2S)-2,3-dihydroxypropoxy]methyl}pyridin-2-yl)methanone


分子量: 518.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 11 mg/mL protein, 22.5-35% PEG 4000, 0.1M Tris-HCL pH 8.5, 0.2M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→59.24 Å / Num. obs: 35007 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.079 / Net I/av σ(I): 8.6 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.8-1.858.40.5241.425550.20.5920.524100
1.85-1.98.50.4481.724780.1710.5080.448100
1.9-1.958.30.381224100.1470.4310.381100
1.95-2.018.40.292.623610.110.3260.29100
2.01-2.088.40.2443.122490.0940.2770.24499.8
2.08-2.158.40.1983.822310.0750.2230.198100
2.15-2.238.40.1654.621330.0630.1870.165100
2.23-2.328.20.1425.320530.0560.1620.14299.9
2.32-2.438.40.1176.519570.0450.1320.11799.9
2.43-2.558.40.0997.619030.0380.1120.099100
2.55-2.688.40.0898.418130.0340.10.08999.7
2.68-2.858.40.0759.717250.0290.0850.075100
2.85-3.048.40.06211.616040.0240.070.06299.7
3.04-3.298.30.05213.615200.020.0590.05299.8
3.29-3.68.10.04415.313880.0180.050.04499.7
3.6-4.0280.03916.412790.0150.0440.03999.3
4.02-4.658.10.02922.311360.0110.0330.02999
4.65-5.6980.03219700.0120.0340.0398.7
5.69-8.057.60.03120.27710.0120.0350.03198.5
8.05-62.526.70.02423.44710.010.0270.02497.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LCO

3lco


解像度: 1.8→59.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.225 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.104
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 1751 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.1579 33140 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.44 Å2 / Biso mean: 20.164 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→59.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 46 373 2787
Biso mean--22.17 33.32 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.6523538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5881.5915641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6075326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78522.984124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49815442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.041512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02549
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 124 -
Rwork0.207 2417 -
all-2541 -
obs--99.73 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る