PDB-6ig5: Crystal structure of argininosuccinate lyase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ig5

タイトル

Crystal structure of argininosuccinate lyase from Mycobacterium tuberculosis

要素

Argininosuccinate lyase

キーワード

LYASE / argininosuccinate lyase / fumarate / tetrameric structure

機能・相同性

機能・相同性情報

argininosuccinate lyase / argininosuccinate lyase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / peptidoglycan-based cell wall / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.078 Å

データ登録者

Chen, X.B. / Liu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure and biochemical study on argininosuccinate lyase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Chen, X.B. / Chen, J. / Zhang, W. / Wang, H. / Liu, X. / Zhou, W. / Yang, H. / Rao, Z.

履歴

登録	2018年9月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ig5.cif.gz	361.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ig5.ent.gz	294.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ig5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ig5_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ig5_full_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示
XML形式データ	6ig5_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	6ig5_validation.cif.gz	103.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6ig5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6ig5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6igaC 1hy1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iem-1 6iem-2 6iga-d 1i0a-d 1hy1-d 1k7w-d 4mx2-1 1tj7-2 1k62-1 2e9f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Argininosuccinate lyase

B: Argininosuccinate lyase

C: Argininosuccinate lyase

D: Argininosuccinate lyase

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.349, 120.352, 155.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Argininosuccinate lyase / ASAL / Arginosuccinase 分子量: 49828.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: argH, Rv1659, MTCY06H11.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPY7, argininosuccinate lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8% (v/v) tacsimate, 28% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.078→50 Å / Num. obs: 128496 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 6334

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HY1

1hy1

解像度: 2.078→47.586 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	6249	4.86 %
R_work	0.1664	-	-
obs	0.168	128496	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.078→47.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13588	0	0	1117	14705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	18796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.427	4996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0781-2.1017	0.2546	139	0.23	2768	X-RAY DIFFRACTION	68
2.1017-2.1264	0.2679	189	0.228	4093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1264-2.1524	0.2767	196	0.2101	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.1796	0.252	198	0.2004	4081	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1796-2.2083	0.2392	197	0.1971	4069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2083-2.2386	0.2398	196	0.1997	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2386-2.2705	0.2451	194	0.1946	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2705-2.3044	0.2352	214	0.1936	4096	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3044-2.3404	0.2421	235	0.1845	4018	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3404-2.3788	0.2257	199	0.1785	4074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3788-2.4198	0.2312	211	0.1821	4129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4198-2.4638	0.2118	215	0.1748	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4638-2.5112	0.2153	216	0.1735	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5112-2.5625	0.2425	205	0.1764	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5625-2.6182	0.2362	233	0.1772	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6182-2.6791	0.2417	184	0.1789	4104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6791-2.7461	0.2354	244	0.1812	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7461-2.8203	0.2331	227	0.1908	4066	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8203-2.9033	0.2323	181	0.185	4115	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9033-2.997	0.1917	193	0.1865	4162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.997-3.1041	0.2041	222	0.1837	4113	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1041-3.2283	0.213	209	0.1851	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2283-3.3752	0.2287	248	0.1855	4105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3752-3.5531	0.2067	221	0.1657	4126	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5531-3.7756	0.1877	199	0.1562	4125	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7756-4.067	0.1622	206	0.143	4164	X-RAY DIFFRACTION	100
4.067-4.476	0.159	209	0.1338	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
4.476-5.1231	0.1625	221	0.1262	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1231-6.452	0.1844	243	0.1669	4186	X-RAY DIFFRACTION	99
6.452-47.5982	0.1372	205	0.1329	4387	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)