PDB-6if3: Complex structure of Rab35 and its effector ACAP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6if3

タイトル

Complex structure of Rab35 and its effector ACAP2

要素

Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 2
Ras-related protein Rab-35

キーワード

ENDOCYTOSIS / Rab35 / ACAP2 / complex / cryatal structure

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament-based process / Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / protein localization to endosome / clathrin-coated endocytic vesicle / cell projection membrane / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / TBC/RABGAPs ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lin, L. / Zhu, J. / Zhang, R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Rab35/ACAP2 and Rab35/RUSC2 Complex Structures Reveal Molecular Basis for Effector Recognition by Rab35 GTPase.
著者: Lin, L. / Shi, Y. / Wang, M. / Wang, C. / Zhu, J. / Zhang, R.

履歴

登録	2018年9月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6if3.cif.gz	161 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6if3.ent.gz	123.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6if3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6if3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6if3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6if2C 3jueS 3tw8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xnq-d 1y6h-d 6hb1-4 4f24-d 6hb1-1 6bcb-d 5e5d-1 5oid-1 5f5o-3 7bwn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#115 - 2009年7月
β-セクレターゼ (beta-Secretase)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 2

B: Ras-related protein Rab-35

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.741, 53.468, 144.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 2 / Centaurin-beta-2 / Cnt-b2 分子量: 19000.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAP2, CENTB2, KIAA0041 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15057
#2: タンパク質	Ras-related protein Rab-35 / GTP-binding protein RAY / Ras-related protein Rab-1C 分子量: 21095.869 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB35, RAB1C, RAY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15286
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium sodium tartrate, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 54675 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 10.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 1.219 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 570145

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	4.9	0.584	1913	0.801	0.239	0.636	0.57	68.8
1.53-1.55	5.3	0.565	2295	0.768	0.228	0.614	0.568	81.8
1.55-1.58	5.3	0.517	2458	0.838	0.217	0.564	0.584	88.3
1.58-1.62	6.6	0.525	2677	0.871	0.199	0.565	0.597	96.6
1.62-1.65	7.6	0.519	2743	0.887	0.189	0.554	0.592	98.9
1.65-1.69	8.7	0.501	2791	0.915	0.173	0.531	0.608	99.9
1.69-1.73	9.5	0.468	2809	0.95	0.156	0.494	0.621	100
1.73-1.78	10.2	0.464	2778	0.942	0.149	0.488	0.646	99.8
1.78-1.83	10.6	0.407	2785	0.969	0.129	0.427	0.683	99.6
1.83-1.89	10.3	0.366	2794	0.972	0.118	0.386	0.73	99.9
1.89-1.96	12.4	0.32	2800	0.98	0.094	0.334	0.825	99.9
1.96-2.04	12.6	0.27	2815	0.983	0.079	0.282	0.915	99.9
2.04-2.13	12.6	0.22	2826	0.987	0.064	0.229	1.076	99.9
2.13-2.24	12.5	0.183	2814	0.99	0.053	0.191	1.204	100
2.24-2.38	11.7	0.159	2805	0.99	0.048	0.167	1.37	99.8
2.38-2.56	13	0.138	2851	0.993	0.04	0.144	1.509	100
2.56-2.82	13.3	0.119	2877	0.995	0.034	0.124	1.63	100
2.82-3.23	13	0.101	2854	0.996	0.029	0.106	1.929	99.9
3.23-4.07	12.4	0.085	2913	0.997	0.025	0.089	2.4	99.8
4.07-50	12.1	0.077	3077	0.997	0.023	0.08	2.476	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TW8, 3JUE

3tw8

3jue

解像度: 1.5→28.049 Å / FOM work R set: 0.8541 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	2759	5.06 %
R_work	0.1721	51720	-
obs	0.1738	54479	96.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.36 Å² / B_iso mean: 27.04 Å² / B_iso min: 12.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→28.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2606	0	33	390	3029
B_iso mean	-	-	20.36	38.7	-
残基数	-	-	-	-	336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2736
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.255	3724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	424
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.529	1017

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5259	0.3538	93	0.323	1878	1971	71
1.5259-1.5536	0.337	116	0.2979	2167	2283	82
1.5536-1.5835	0.3113	132	0.2763	2328	2460	88
1.5835-1.6158	0.2927	127	0.2529	2546	2673	97
1.6158-1.6509	0.2947	159	0.2396	2571	2730	99
1.6509-1.6893	0.276	129	0.2192	2618	2747	100
1.6893-1.7316	0.2569	144	0.2119	2668	2812	100
1.7316-1.7784	0.2591	148	0.2078	2632	2780	100
1.7784-1.8307	0.2505	147	0.2003	2627	2774	100
1.8307-1.8898	0.2375	136	0.1872	2644	2780	100
1.8898-1.9573	0.2123	140	0.1733	2641	2781	100
1.9573-2.0357	0.1841	138	0.1725	2671	2809	100
2.0357-2.1283	0.2095	137	0.1639	2672	2809	100
2.1283-2.2404	0.1921	138	0.1666	2676	2814	100
2.2404-2.3807	0.1961	134	0.1608	2648	2782	100
2.3807-2.5644	0.1972	137	0.165	2708	2845	100
2.5644-2.8223	0.1845	170	0.1624	2686	2856	100
2.8223-3.2302	0.1773	148	0.1506	2695	2843	100
3.2302-4.0677	0.1695	133	0.1434	2768	2901	100
4.0677-28.0536	0.2024	153	0.1684	2876	3029	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3914	0.2799	1.6572	4.2633	-3.5403	6.3957	-0.0623	-0.2604	0.2449	0.2701	-0.0074	-0.0589	-0.2844	0.0586	0.0621	0.133	0.0028	-0.0019	0.1182	-0.0567	0.1567	-14.3041	45.918	17.9145
2	4.7825	-3.2294	0.204	4.362	-0.1435	8.7329	-0.333	-0.0539	-0.1224	0.415	0.1032	0.1176	0.1355	0.0734	0.1541	0.1827	-0.0074	0.0182	0.1279	0.0088	0.1332	-17.1472	37.9661	22.1799
3	1.3589	-0.0481	0.0163	2.3847	0.2734	2.4888	-0.0074	0.0206	0.0377	0.0823	-0.0027	0.0162	0.0138	0.0084	0.0186	0.1182	-0.0042	0.0155	0.1328	-0.0128	0.1202	-17.1138	35.6502	8.4218
4	6.6149	1.124	-3.7264	6.5265	-0.962	8.2157	-0.2737	0.4115	-0.0007	-0.2095	0.0393	0.1893	0.3621	-0.3199	0.2468	0.2158	-0.027	0.0046	0.1209	-0.0047	0.1087	-22.0379	25.1292	4.3302
5	4.9549	-2.7895	0.6063	6.2131	0.3599	3.231	-0.0369	0.0856	-0.3277	0.113	-0.0211	0.0493	0.1532	0.1093	0.0461	0.1349	-0.0183	0.0126	0.1495	-0.0261	0.1099	-16.3935	24.9009	-5.9817
6	4.7798	1.1555	-0.0104	1.955	-2.6995	5.9989	-0.0706	0.1998	-0.6184	-0.2732	0.1189	-0.331	0.2667	0.3684	0.0637	0.1785	-0.0108	0.0269	0.266	-0.0529	0.2752	-3.9853	27.1752	-6.8363
7	5.428	-5.1269	-5.7683	5.0653	4.966	7.652	0.9597	0.2078	1.6827	-0.6184	-0.5498	-0.4172	-1.0053	-1.3294	-0.5682	0.3757	0.0623	0.054	0.6036	-0.0664	0.5403	-17.3045	41.8542	-6.1466
8	4.4103	-2.7839	2.029	4.1713	-1.4731	2.1586	-0.1338	-0.1352	0.0486	0.1262	0.0253	-0.0767	0.0601	-0.0853	0.1192	0.1825	0.0186	0.0303	0.1568	-0.0304	0.0884	-11.9856	15.0619	-18.0824
9	1.6289	-1.8893	0.0726	3.9432	0.6944	0.8443	-0.0058	-0.0522	0.0294	0.1074	-0.0529	0.0238	0.0863	-0.1077	0.0531	0.1652	0.0008	0.0128	0.1831	0.0033	0.1529	-14.8339	14.4451	-15.8791
10	5.0004	-4.8753	-3.9579	5.2385	3.8686	2.9292	0.0788	0.1848	0.2422	-0.1374	0.0328	-0.2074	-0.1491	-0.0378	-0.1485	0.1718	-0.0106	0.0157	0.1499	0.0294	0.1438	-12.1797	29.7367	-18.732
11	8.7903	1.6624	3.4988	1.7628	1.3742	3.3215	-0.3462	0.2634	0.3575	-0.4878	0.0987	0.0635	-0.4309	0.0178	0.2635	0.2549	-0.0034	-0.0032	0.1642	0.007	0.1363	-14.4506	26.0365	-31.2741
12	2.7261	-0.8839	-1.4565	2.2145	0.4259	3.5742	-0.1248	0.525	-0.0657	-0.338	-0.0616	0.0784	-0.0786	-0.281	0.1704	0.2408	-0.0053	-0.009	0.1922	-0.0195	0.1572	-15.8756	17.8862	-35.8568
13	6.3212	0.9087	1.0147	1.8839	0.3674	2.596	0.0212	0.049	-0.342	0.0266	-0.0354	-0.1055	0.2173	0.2052	0.0057	0.2448	0.0445	0.0236	0.1666	-0.032	0.1927	-8.595	10.0483	-27.0799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 605 through 627 )	A	605 - 627
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 628 through 637 )	A	628 - 637
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 638 through 695 )	A	638 - 695
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 696 through 709 )	A	696 - 709
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 710 through 738 )	A	710 - 738
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 739 through 757 )	A	739 - 757
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 758 through 769 )	A	758 - 769
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 30 )	B	2 - 30
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 31 through 64 )	B	31 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 65 through 82 )	B	65 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 83 through 109 )	B	83 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 110 through 142 )	B	110 - 142
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 143 through 178 )	B	143 - 178

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)