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- PDB-6if2: Complex structure of Rab35 and its effector RUSC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6if2
タイトルComplex structure of Rab35 and its effector RUSC2
要素
  • Iporin
  • Ras-related protein Rab-35
キーワードENDOCYTOSIS / Rab35 / RUSC2 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / protein localization to endosome / clathrin-coated endocytic vesicle / cell projection membrane / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / endosomal transport ...Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / protein localization to endosome / clathrin-coated endocytic vesicle / cell projection membrane / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / endosomal transport / antigen processing and presentation / mitotic cytokinesis / intercellular bridge / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / small monomeric GTPase / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / small GTPase binding / recycling endosome membrane / neuron projection development / GDP binding / intracellular protein localization / melanosome / protein transport / cytoplasmic vesicle / endosome membrane / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Rab35 / RUN domain / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / : ...: / : / Rab35 / RUN domain / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Variant SH3 domain / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-35 / AP-4 complex accessory subunit RUSC2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lin, L. / Zhu, J. / Zhang, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31600607 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Rab35/ACAP2 and Rab35/RUSC2 Complex Structures Reveal Molecular Basis for Effector Recognition by Rab35 GTPase.
著者: Lin, L. / Shi, Y. / Wang, M. / Wang, C. / Zhu, J. / Zhang, R.
履歴
登録2018年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ras-related protein Rab-35
A: Iporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4034
ポリマ－43,8552
非ポリマー5472
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.213, 188.213, 37.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-35 / GTP-binding protein RAY / Ras-related protein Rab-1C


分子量: 21095.869 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB35, RAB1C, RAY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15286
#2: タンパク質 Iporin / Interacting protein of Rab1 / RUN and SH3 domain-containing protein 2


分子量: 22759.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUSC2, KIAA0375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N2Y8
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30173 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.927 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 299834
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.449.50.76114980.80.2590.8050.937100
2.44-2.499.40.66914990.8380.2290.7080.93198.9
2.49-2.5310.40.66314520.880.2160.6971.063100
2.53-2.59100.53514730.9070.1770.5630.938100
2.59-2.649.50.48415190.910.1640.5110.931100
2.64-2.710.10.51814830.9020.1710.5461.20899.3
2.7-2.7710.40.414770.9540.1290.420.917100
2.77-2.8510.10.35815260.9580.1160.3770.94699.8
2.85-2.9310.40.29814670.9730.0960.3130.9299.5
2.93-3.0210.30.24714860.9840.0810.260.917100
3.02-3.139.60.21615180.9790.0730.2280.92699.8
3.13-3.269.90.18514900.9880.0620.1950.954100
3.26-3.41100.14515080.9910.0480.1530.91999.9
3.41-3.589.90.13815000.9910.0470.1461.036100
3.58-3.8110.40.12615190.9960.040.1321.06699.9
3.81-4.110.30.10415270.9950.0340.111.027100
4.1-4.529.70.07115120.9980.0240.0750.811100
4.52-5.179.70.06415290.9980.0220.0680.757100
5.17-6.519.70.07715580.9970.0260.0820.757100
6.51-509.40.04216320.9990.0140.0440.575100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW8, 4GIW

3tw8

4giw


解像度: 2.4→47.053 Å / FOM work R set: 0.8685 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 1518 5.07 %
Rwork0.1672 28441 -
obs0.1691 29959 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119 Å2 / Biso mean: 42.43 Å2 / Biso min: 18.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 33 231 3185
Biso mean--35.52 48.35 -
残基数----373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1344134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6071086
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.47750.26921450.22712564270999
2.4775-2.56610.27141160.2152521263799
2.5661-2.66880.27331520.21132588274099
2.6688-2.79030.2671330.20462525265899
2.7903-2.93740.21431440.188125772721100
2.9374-3.12140.22341320.18642591272399
3.1214-3.36230.22431250.179526152740100
3.3623-3.70050.21821460.167325862732100
3.7005-4.23570.17281310.142725972728100
4.2357-5.33540.15071420.13152645278799
5.3354-47.06230.18241520.15362632278497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5539-1.04530.93492.82540.86830.98980.1189-0.4790.16940.5881-0.11390.26630.1259-0.164900.3424-0.08120.07480.372-0.01130.3053161.5183106.68738.6927
23.5741.73231.04483.8003-0.50161.803-0.0699-0.281-0.18390.55-0.1609-0.3175-0.1644-0.0520.22720.3271-0.0417-0.02750.28180.03080.3133169.0627107.480910.6059
31.1778-0.33360.87670.3396-0.11930.7154-0.04470.8201-0.1437-0.32240.0452-0.23640.20160.0556-0.01120.3386-0.02620.01590.574-0.05190.4267169.1783103.4089-4.8329
40.8926-0.7439-0.69432.39850.06492.66770.22030.37530.2575-0.3322-0.25030.11810.0441-0.36060.02730.29760.0186-0.01580.38580.06910.2861166.3248116.1366-4.3464
51.17790.1621-0.01692.6913-0.92352.4143-0.03780.13680.35370.3329-0.04050.1147-0.4012-0.17280.0180.29880.01870.01280.22060.03890.3069164.5597121.61225.4826
62.7486-0.9082-1.20761.96810.42790.69660.2076-0.10750.5630.1368-0.1043-0.07410.0505-0.1008-0.0180.3027-0.1037-0.01020.43150.04970.2081153.88591.14813.563
72.68830.35980.37760.8150.02340.3810.1858-0.0965-0.38130.1093-0.0794-0.2190.1411-0.0104-0.09810.2893-0.0794-0.04290.35860.02670.2705161.627580.36647.6101
83.8450.97021.04453.4987-0.51695.85410.07740.9967-0.3088-0.87370.12220.00540.0953-0.0661-0.14180.3769-0.01750.00680.6042-0.07980.2832163.745575.9084-6.2452
92.68620.7311-0.30351.15710.12010.9797-0.00430.3001-0.04460.025-0.00460.02720.1459-0.09230.00740.2256-0.0847-0.01480.33240.01210.1773155.058581.22982.0938
101.429-0.0497-1.00611.4043-0.15491.28520.1392-0.01610.09020.0158-0.1052-0.13620.0140.0703-0.00490.2481-0.0874-0.05960.35420.01850.3239164.567287.02896.9908
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 21 through 64 )B21 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 65 through 82 )B65 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 83 through 120 )B83 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 121 through 178 )B121 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 984 through 1011 )A984 - 1011
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1012 through 1076 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1077 through 1094 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1095 through 1149 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1150 through 1178 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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