PDB-6iek: Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iek

タイトル

Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R12

要素

Heavy chain of Fab R12
Light chain of Fab R12
NSmGnGc

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RVFV / antibody / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wang, Q.H. / Wu, Y. / Gao, F. / Qi, J.X. / Gao, G.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Neutralization mechanism of human monoclonal antibodies against Rift Valley fever virus.
著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, ...

履歴

登録	2018年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iek.cif.gz	567.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iek.ent.gz	469.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iek_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iek_full_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示
XML形式データ	6iek_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	6iek_validation.cif.gz	73.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ieaC 6iebC 6iecC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p3s-5 6p3s-8 6s3t-1 6wh9-3 6p3s-1 4lvn-d 6wh9-2 3hb7-1 4q6i-1 4olz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NSmGnGc

B: Heavy chain of Fab R12

C: Light chain of Fab R12

D: NSmGnGc

E: Heavy chain of Fab R12

F: Light chain of Fab R12

166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NSmGnGc

B: Heavy chain of Fab R12

C: Light chain of Fab R12

登録者が定義した集合体
82.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: NSmGnGc

E: Heavy chain of Fab R12

F: Light chain of Fab R12

登録者が定義した集合体
82.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.756, 108.070, 107.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NSmGnGc / glycoprotein N / Gn 分子量: 34940.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: H9BSP3, UniProt: P03518*PLUS
#2: 抗体	Heavy chain of Fab R12 分子量: 24334.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#3: 抗体	Light chain of Fab R12 分子量: 23530.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M TRIS, PH8, 1.2M Na/K tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 61396 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Num. unique obs: 6102 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.7→48.271 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	2811	4.95 %
R_work	0.225	-	-
obs	0.2267	56742	91.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11306	0	0	222	11528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11606
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.626	15772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.305	4294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1732
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2020

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6953-2.7418	0.3139	54	0.3134	1134	X-RAY DIFFRACTION	39
2.7418-2.7916	0.3448	75	0.304	1457	X-RAY DIFFRACTION	50
2.7916-2.8453	0.3254	103	0.3066	1965	X-RAY DIFFRACTION	68
2.8453-2.9034	0.3459	141	0.3041	2560	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9034-2.9665	0.37	127	0.2927	2840	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9665-3.0355	0.3043	188	0.2806	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0355-3.1114	0.3371	120	0.2712	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1114-3.1955	0.3584	115	0.2602	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1955-3.2895	0.269	184	0.2627	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2895-3.3957	0.2772	192	0.2498	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3957-3.517	0.3146	158	0.2325	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
3.517-3.6578	0.246	137	0.2302	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6578-3.8242	0.2529	113	0.2198	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8242-4.0257	0.2499	144	0.2167	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0257-4.2778	0.236	186	0.1972	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2778-4.6079	0.2173	147	0.1779	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6079-5.0711	0.2089	127	0.1762	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0711-5.8039	0.2119	153	0.1973	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8039-7.3082	0.2744	189	0.2198	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3082-48.2792	0.1953	158	0.2106	3001	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5029	-0.2484	-0.4945	0.4436	0.3344	0.6902	0.0818	0.002	-0.1035	-0.0813	-0.079	0.0167	-0.0084	0.0539	-0.0007	0.1632	0.0175	-0.0208	0.2116	-0.0697	0.1968	20.3144	-10.1377	25.0148
2	0.667	0.0756	0.3544	0.1531	0.3404	0.7807	0.0316	0.0059	-0.0206	0.0329	0.0177	-0.0687	0.0577	0.0318	-0	0.2294	-0.0311	0.0025	0.1385	0.0065	0.1746	33.3653	5.5088	72.6478
3	0.653	-0.0976	0.5898	0.0152	-0.1162	1.0965	-0.0901	0.0879	0.0242	0.0027	0.0111	0.0081	0.0023	0.1107	0	0.2095	0.0035	-0.0135	0.176	-0.0189	0.1764	47.1465	8.6874	62.8657
4	0.8573	-0.1814	0.2599	0.4088	-0.379	0.547	0.0396	0.0805	0.212	-0.0512	-0.0718	-0.0276	-0.0997	0.1088	-0.0138	0.155	-0.0195	0.021	0.1876	0.0757	0.2067	28.4024	44.6259	-16.6608
5	0.8377	-0.2961	-0.4884	0.2149	0.1137	0.6321	0.0102	-0.2427	-0.1123	0.0729	0.0571	-0.1158	-0.0107	0.2595	0.1096	0.3068	-0.036	-0.0483	0.2641	0.0275	0.214	15.2236	32.1187	32.5089
6	0.6131	-0.0207	-0.5332	0.0056	-0.0326	0.8073	-0.0199	0.0229	0.0232	-0.0343	0.0272	-0.0285	-0.0021	-0.081	-0	0.1892	0.0023	0.0167	0.1286	0.0087	0.1692	1.4556	28.4225	22.753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)