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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iei | ||||||
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タイトル | Loop deletion and proline insertion mutant (deleting six residues and inserted five proline residues) | ||||||
要素 | Outer surface protein A | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / Outer surface protein A / OspA / LIPID BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia burgdorferi B31 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shiga, S. / Makabe, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019 タイトル: Domain-Swapping Design by Polyproline Rod Insertion. 著者: Shiga, S. / Yamanaka, M. / Fujiwara, W. / Hirota, S. / Goda, S. / Makabe, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iei.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iei.ent.gz | 42.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6iei_validation.pdf.gz | 419.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6iei_full_validation.pdf.gz | 421.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6iei_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6iei_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6iei | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26348.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi B31 (バクテリア) 株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0CL66 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 28975 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 1401 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2G8C 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.603 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.241 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The authors scaled the sample data as P3, but refined the data as P321.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.977 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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