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- PDB-6iea: Structure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iea
タイトルStructure of RVFV Gn and human monoclonal antibody R13
要素
  • NSmGnGc
  • R13 H chain
  • R13 L chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / RVFV / antibody / STRUCTURAL PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulins ...Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Q.H. / Wu, Y. / Gao, F. / Qi, J.X. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31390432 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Neutralization mechanism of human monoclonal antibodies against Rift Valley fever virus.
著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, ...著者: Wang, Q. / Ma, T. / Wu, Y. / Chen, Z. / Zeng, H. / Tong, Z. / Gao, F. / Qi, J. / Zhao, Z. / Chai, Y. / Yang, H. / Wong, G. / Bi, Y. / Wu, L. / Shi, R. / Yang, M. / Song, J. / Jiang, H. / An, Z. / Wang, J. / Yilma, T.D. / Shi, Y. / Liu, W.J. / Liang, M. / Qin, C. / Gao, G.F. / Yan, J.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NSmGnGc
L: R13 L chain
H: R13 H chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4205
ポリマ－82,2223
非ポリマー1982
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.210, 97.107, 112.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NSmGnGc / glycoprotein N / Gn


分子量: 34940.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: H9BSP3, UniProt: P03518*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 R13 L chain


分子量: 23369.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 R13 H chain


分子量: 23910.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 378分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 61226 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.365 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2→48.454 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 2431 4.71 %
Rwork0.1808 --
obs0.1829 51622 84.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5548 0 13 376 5937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0057785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0713988
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006993
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.04090.2931550.22441506X-RAY DIFFRACTION44
2.0409-2.08530.3243890.21641743X-RAY DIFFRACTION52
2.0853-2.13380.24811010.20952004X-RAY DIFFRACTION59
2.1338-2.18710.26391010.20822221X-RAY DIFFRACTION65
2.1871-2.24630.27881360.21152407X-RAY DIFFRACTION71
2.2463-2.31240.2341210.20252698X-RAY DIFFRACTION79
2.3124-2.3870.25711300.20782882X-RAY DIFFRACTION85
2.387-2.47230.29211470.21093103X-RAY DIFFRACTION91
2.4723-2.57130.22961730.20243297X-RAY DIFFRACTION98
2.5713-2.68830.26261960.20673337X-RAY DIFFRACTION99
2.6883-2.830.24021740.2043426X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.00730.26211820.2053402X-RAY DIFFRACTION100
3.0073-3.23950.23551510.19553422X-RAY DIFFRACTION100
3.2395-3.56540.25341590.18613416X-RAY DIFFRACTION100
3.5654-4.08110.20361540.15873424X-RAY DIFFRACTION100
4.0811-5.14080.16731820.13143439X-RAY DIFFRACTION100
5.1408-48.46830.18081800.15933464X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4835-0.12330.15282.465-0.70882.1874-0.0191-0.0766-0.01590.3849-0.0566-0.1242-0.26530.06550.05280.1774-0.01810.01620.106-0.01190.168225.41230.2699164.188
20.2176-0.0443-0.76970.79590.03662.70450.01630.3049-0.0715-0.2436-0.02650.08290.2955-0.47360.00210.19820.0263-0.05040.3792-0.06930.239620.5395-17.8633114.6149
30.0604-0.10650.21341.04230.61691.59630.10860.337-0.0451-0.2927-0.0453-0.0069-0.34580.1575-0.03290.19730.06820.03170.4587-0.02280.232729.9043-2.1888116.9501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:315 )A1 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 2:209 )L2 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:225 )H1 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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