[日本語] English
万見
- PDB-7nmu: Crystal structure of human platelet glycoprotein VI in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nmu
タイトルCrystal structure of human platelet glycoprotein VI in complex with an inhibitory nanobody.
要素
  • Nanobody 2
  • Platelet glycoprotein VI
キーワードBLOOD CLOTTING / Nanobody / Complex / Domain-swap
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / collagen binding / GPVI-mediated activation cascade ...collagen receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / tetraspanin-enriched microdomain / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / collagen-activated signaling pathway / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet aggregation / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / collagen binding / GPVI-mediated activation cascade / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / platelet activation / platelet aggregation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / membrane raft / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet glycoprotein VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Slater, A. / Jonas, E. / Watson, S.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: Blood / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of a novel GPVI-nanobody complex reveals a biologically active domain-swapped GPVI dimer.
著者: Slater, A. / Di, Y. / Clark, J.C. / Jooss, N.J. / Martin, E.M. / Alenazy, F. / Thomas, M.R. / Ariens, R.A.S. / Herr, A.B. / Poulter, N.S. / Emsley, J. / Watson, S.P.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Platelet glycoprotein VI
BBB: Platelet glycoprotein VI
DDD: Nanobody 2
CCC: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1245
ポリマ－71,0844
非ポリマー401
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area28940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.906, 84.751, 124.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Platelet glycoprotein VI / GPVI / Glycoprotein 6


分子量: 21270.033 Da / 分子数: 2 / 変異: N72Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCN6
#2: 抗体 Nanobody 2


分子量: 14271.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 18% PEG8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 283.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→84.75 Å / Num. obs: 26173 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Num. unique obs: 11961 / CC1/2: 0.834

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
xia2データ削減
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gi7

2gi7


解像度: 2.5→70.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.315 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 1329 5.078 %
Rwork0.1742 24844 -
all0.177 --
obs-26173 99.893 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 40.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.818 Å20 Å2-0 Å2
2---0.839 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→70.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 1 269 4934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.6526532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2111.579964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7285603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89221.947226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11315729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3731528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.23714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.22255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1970.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1810.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1140.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3684.1352430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3694.1342429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2366.1783027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2356.183028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7844.5762362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7834.5782363
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9546.6983505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9536.73506
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.54346.54974
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.54646.4344937
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5630.285930.221761X-RAY DIFFRACTION98.9856
2.563-2.6330.294690.2321794X-RAY DIFFRACTION100
2.633-2.710.2491080.2321690X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.7930.285950.1971669X-RAY DIFFRACTION100
2.793-2.8850.261850.1831625X-RAY DIFFRACTION100
2.885-2.9860.254850.191543X-RAY DIFFRACTION99.9386
2.986-3.0990.269930.1841516X-RAY DIFFRACTION100
3.099-3.2250.217890.1731458X-RAY DIFFRACTION100
3.225-3.3680.254770.1751398X-RAY DIFFRACTION100
3.368-3.5330.277730.1751373X-RAY DIFFRACTION100
3.533-3.7230.246700.1661259X-RAY DIFFRACTION100
3.723-3.9490.155750.1471219X-RAY DIFFRACTION100
3.949-4.2210.218460.1451160X-RAY DIFFRACTION100
4.221-4.5590.233540.1471079X-RAY DIFFRACTION100
4.559-4.9940.179580.134994X-RAY DIFFRACTION100
4.994-5.5820.233460.162899X-RAY DIFFRACTION100
5.582-6.4430.238370.178826X-RAY DIFFRACTION100
6.443-7.8860.294390.186694X-RAY DIFFRACTION100
7.886-11.130.183260.164545X-RAY DIFFRACTION100
11.13-70.0750.212110.212342X-RAY DIFFRACTION99.7175

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る