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万見
- PDB-6idg: antibody 64M-5 Fab in complex with dT(6-4)T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6idg
タイトルantibody 64M-5 Fab in complex with dT(6-4)T
要素
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)
  • DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / DNA (6-4) PHOTOPRODUCT / IMMUNOGLOBULIN / FAB
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DNA
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Noguchi, S. / Hayashida, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K07316 日本
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Structures of the antibody 64M-5 Fab and its complex with dT(6-4)T indicate induced-fit and high-affinity mechanisms.
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Noguchi, S. / Hayashida, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Structure of a double-stranded DNA (6-4) photoproduct in complex with the 64M-5 antibody Fab
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y.
#2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the 64M-2 antibody Fab fragment in complex with a DNA dT(6-4)T photoproduct formed by ultraviolet radiation
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)
H: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)
A: DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3883
ポリマ－48,3883
非ポリマー00
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.620, 100.865, 51.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)


分子量: 23993.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: hybridoma / 株: BALB/c
#2: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)


分子量: 23828.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: hybridoma / 株: BALB/c
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')


分子量: 565.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% PEG2000, 0.5 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate (pH 3.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 27037 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 2018 / % possible all: 66.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EHL

1ehl


解像度: 2→28.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 72552.57 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2596 9.9 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.192 26313 86 %-
溶媒の処理Bsol: 56.1635 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.52 Å20 Å20 Å2
2---7.29 Å20 Å2
3---13.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→28.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 37 0 383 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.012.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 332 9.9 %
Rwork0.233 3007 -
obs--66.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3~/64m5ds18/cns/toppar/t64b.par~/64m5ds18/cns/toppar/t64b.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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